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Dr. Fernán Federici expone sobre Biología Sintética abierta y open source

Publicado el Miércoles, 18 Julio 2018 21:57

fernan perfilFrente a un público expectante por conocer más sobre el enfoque open source, el Doctor de la Universidad de Cambridge y profesor asistente de la Universidad Católica de Chile e investigador en el International Research Fellow at OpenPlant Centre, expuso durante el día de ayer en las cercanías de la FCB sobre las oportunidades del hardware abierto.

El seminario se tituló “Biología Sintética abierta: enfoque open source a la ingeniería de sistemas biológicos”, y tuvo como audiencia al Decano de la Facultad, Juan Correa, docentes y estudiantes de doctorado de la Facultad.

Durante su exposición, el doctor y profesor Fernán Federici, mostró avances en el uso de herramientas de libre acceso y bajo costo para el estudio e ingeniería de arreglos multicelulares, biosensores in vitro y recursos educativos:

“Primero, mostramos un proyecto de Kevin Simpson, en co-supervision con Juan Keymer, sobre el uso de modelos de mecánica estadística como marco teórico para describir y controlar organizaciones multicelulares bacterianas como sistemas bi-estables y acoplados. Luego, compartimos avances en la ingeniería de recursos de bajo costo para el estudio de la expresión génica en diferentes contextos de crecimiento celular (desarrollado con Tim Rudge, Macarena Muñoz, Isaac Nuñez y Tamara Matute)”, nos comenta.

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También se mostraron resultados en el desarrollo de biosensores “cell-free” de bajo costo que combinan biología in vitro y hardware abierto (con Anibal Arce, Juan Puig, Axel Sepulveda, y Tamara Matute).

“Finalmente, dimos a conocer un proyecto sobre herramientas de ensamblaje de ADN para multiples especies (con Bernardo Pollak, Tamara Matute, Ariel Cerda, Alejandro Aravena, Valentina Vargas, Constanza Lopez, y Jorge Ibañez, en colaboración con Peter von Dassow y grupos de UPMC y Craig Venter Institute)”, finaliza Fernán. 

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A través del hardware libre

Cada día esta forma de hacer ciencia y tecnología está siendo adoptada por más grupos de científicos y desarrolladores, lo que ha acelerado la creación de herramientas de bajo costo disponibles para ser implementadas en diferentes entornos científicos, educativos y ciudadanos. A través del hardware libre pueden crearse microscopios, espectrómetros, colorímetros, instrumental de monitoreo de plantas, agua, aire y suelo, entre otros elementos casi a un 10% del costo de mercado, tal como precisó el Doctor Fernan Federici durante su presentación en el edificio Zócalo.

Expertos aseguran que en un futuro no muy lejano, se podría dar vida a una especie de laboratorio ciudadano que fomente la investigación fuera del ámbito de la academia; si se logra tener el suficiente apoyo para su realización.

Recientemente dos estudiantes recibieron el premio PLOS Open Source Toolkit de 2018 que fue otorgado por el desarrollo de un equipo de libre acceso y bajo costo para el registro de imágenes de fluorescencia multicanal y a diferentes escalas. El enfoque de libre acceso utilizado implica que se deja disponible todo lo generado para volver ser copiado, adaptado, modificado, mezclado o vendido. La investigación fue liderada por tres profesores del cuerpo académico de la FCB, Tim Rudge, Juan Keymer  y Fernán Federici.

Si quieres saber más de este premio otorgado a dos estudiantes de nuestra universidad, ingresa al siguiente link:
http://biologia.uc.cl/es/component/content/article/39-es/bionoticias-investigacion/1452-plos-open-source-toolkit-destaca-a-estudiantes-y-profesores-de-fcb-por-proyecto-de-hardware-abierto

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Fotografías gestionadas por Fernán Federici 

 

El Doctor Alejandro Pérez Matus habla del impacto en el ecosistema marino en Isla Huar

Publicado el Martes, 17 Julio 2018 13:41

Perez matus 1El pasado 5 de julio producto del mal tiempo, alrededor de 900.000 salmones de la empresa Marine Harvest escaparon desde las jaulas del centro de cultivo Punta Redonda ubicado en Isla Huar en la Región de Los Lagos.

Los salmones que escaparon estaban en tratamiento con altas dosis del antibiótico como el Florfenicol, el cual tiene una carencia de aproximadamente 30 días haciéndolos no apto para el consumo humano por estar todavía con bacterias que representan un peligro para la salud humana.

Bastante se ha hablado del impacto económico pero no del potencial peligro en el impacto marino de nuestro país. Conversamos con el Doctor en Biología Marina (Victoria University of Wellington) y actual académico de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Católica el Doctor Alejandro Pérez Matus.  Esto fue lo que nos contó:

¿Cuál es el impacto en el ecosistema marino a corto-largo plazo?

El primer impacto principal del cultivo del salmón en Chile es que es una acuicultura mega intensa en términos espaciales. Uno porque abarca bastantes regiones del país desde los mares interiores de Chiloé hacia Tierra del Fuego. Segundo porque es una especie Anadroma, ya que cumple su ciclo de vida en agua dulce y en el mar por lo que necesita de ríos, lagos y aguas abiertas marinas. 

A corto plazo se podría decir que el impacto depende de la escala de las balsas-jaulas y el proceso de engorda del salmón (que es un un pez carnívoro) el cual requiere de otras especies por ser de alto nivel trófico. Esto hace que se deban capturar otros peces de origen nativo para satisfacer al salmón (originario del hemisferio norte, Norte de América y Europa). Antes se estimaba que eran alrededor de 7 kilos de alimento por un kilo de salmón...

Se ha intentado regular la cantidad de alimento…

Perez matus 2Hoy se ha optimizado el alimento y esto ha disminuido la presión de los peces pelágicos que se extraían antes para alimentar al salmón, especies como el jurel, la sardina y la anchoveta, entre otros, se transformaban en harina. Ahora se estima que son alrededor de 2 kilos por cada kilo de Salmon de ese tipo de pescados y otros son componentes de origen vegetal (Soya).

Es importante aclarar que este hecho no deja de tener impacto porque la Soya se extrae de sistemas donde se ha eliminado el bosque nativo para poder sembrar plantaciones a gran escala.

Si no se llega a controlar y mejorar los métodos productivos a gran escala de este tipo de acuicultura, el escape de esta especie carnívora podría tener un impacto significativo en otras especies nativas (al ser depredador "tope" dependen de una gran gama de individuos para su alimentacion). 

En consecuencia, las especies nativas se enfrentaran a nuevos depredadores inexistentes. Como dato: hay estudios que confirman que los salmones forman presa de especies nativas.

Qué tipo de marco regulatorio tienen estas empresas... 

El marco regulatorio de estas empresas es bien bajo considerando la basura que emanan por “fenómenos accidentales”. Yo he tenido la oportunidad de bucear y observar en sistemas aledaños a estos cultivos de salmón y la basura referente al tipo de plástico que usan para mantener a flote estas balsas-jaulas donde se encuentran los salmones, es increíble.

El impacto del borde costero referente al plástico, plumavit, antibióticos y exceso de alimentación no ha tenido una solución a mayor escala por parte de estas corporaciones. Además estas empresas, aún no dimensionan el impacto del cambio climático y tampoco les interesa integrar este fenómeno como manera paliativa. En consecuencia pasa lo que pasó hace unos días... un efecto que no pueden ni saben controlar.

Y el Estado... 

Yo creo que deberíamos tener un Estado que proteja a nuestro medio ambiente de una manera más rigurosa sobre todo si nos enfrentamos a industrias de este tipo que operan a escalas espaciales y temporales gigantes como lo es la empresa del salmón. Sin dudas ha habido mejoras en el último tiempo y hay ejemplos de producción más limpia pero el precio del costo ambiental presente es incalculable. 

He trabajado con colegas que tienen centros de investigacion en sistemas de Fiordos del sur y el impacto de la acuicultura del salmón sobre la biodiversidad en los últimos 10 años es enorme. Aun no tenemos un porcentaje que signifique una compensacion como zonas libres de impacto humano (Reservas Marinas, etc). En el sistema de fiordos su biodiversidad marina se ha reducido.

Me gustaría que hubiese más información y ciencia en estos sitios para frenar el daño en el ecosistema marino.

Intentar capturar estos salmones en fuga, ¿soluciona en parte algo de este problema?

Podría minimizar el impacto pero la consecuencia y la forma de esta acción son muy difíciles de revertir. Los salmones están acostumbrados a estar confinados en jaulas y no perciben ni conocen el ambiente circundante. Buscar otro hábitat por accidente va a causar un impacto de potencial patógeno a otras especies.

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Fotografía: Protected saltwater enclosure © Parks Canada

 

 

Steven Varga: destacado profesor de microbiología dicta clases en doctorado

Publicado el Viernes, 13 Julio 2018 19:49

Doctor Vargas 2Un interesante invitado tuvo el curso BIO4402 del programa de “Doctorado en Ciencias Biológicas, mención Genética Molecular y Microbiología", dictado por la Dra. Susan Bueno.

La última semana de junio tuvieron como profesor invitado al Dr. Steven Varga, quien es Profesor Titular del Departamento de Microbiología de la Universidad de Iowa y Director del “Interdisciplinary Graduate Program in Immunology” de la misma institución.

El Dr. Varga se destaca por ser experto en respuesta inmune contra patógenos respiratorios bacterianos y virales. Su línea de investigación se centra en el estudio de la respuesta inmune celular contra estos agentes infecciosos y el diseño de métodos diagnósticos y vacunas.

El académico ha publicado más de 80 artículos científicos en revistas internacionales de alto impacto y es editor de prestigiosas revistas del área de la inmunología y virología, como Plos Pathogens, Journal of Virology, Journal of Immunology, Frontiers of Immunological Memory y PLoS One.

En estas actividades tuvo la oportunidad de no solo dictar clases sobre su investigación científica en la Universidad de Iowa, sino que también tuvo la posibilidad de compartir con los estudiantes su experiencia como Director del programa de Doctorado en Inmunología y Microbiología y sobre el desarrollo de su carrera científica. Además, sus clases también abordaron problemáticas actuales como el movimiento anti-vacunas.

Brenda López Ulloa, una de las estudiantes presentes del Curso de Doctorado “Microbiología Molecular” del Departamento de Genética Molecular y Microbiología de la FCB, destacó la visita del Dr. Steven Varga de forma muy gratificante:

“Tuvimos la oportunidad de tener clases en las cuales se discutieron temas actuales en el campo de la ciencia y donde nos compartió resultados muy interesantes relacionados con sus proyectos de investigación en los que evalúa el rol de las células T CD8 durante la infección causada por el Virus Respiratorio Sincicial, así como también estudios realizados para evaluar la seguridad de futuras vacunas contra este agente viral”, asegura.

Además, esta actividad permitió a los alumnos interactuar de una manera más personal posterior a la clase, en un almuerzo grupal donde el Dr. Varga les comentó a los futuros docentes e investigadores sobre sus inicios en el campo de las ciencias.

“Es una instancia única, ya que nos entregó consejos a nosotros como futuros investigadores. Agradeciendo a la Dra. Susan Bueno y al Instituto Milenio en Inmunología e Inmunoterapia por incentivar este tipo de actividades que fortalecen nuestra formación académica, y al mismo tiempo nos permite generar lazos para futuras colaboraciones”, agrega la estudiante Brenda López.

La visita del profesor Steven Varga fue apoyada por el Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas de la FCB y el Instituto Milenio en Inmunología en Inmunoterapia.

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Laboratory of Steven Varga

 

Se revelan las prioridades de conocimiento ambiental para Chile

Publicado el Viernes, 13 Julio 2018 19:29

CAPES 2La jornada, realizada en CEPAL, contó con la participación de científicos, tomadores de decisiones, representantes de empresas, financistas de ciencia y la sociedad civil.

Recientemente se dió a conocer el listado de las 55 prioridades de conocimiento ambiental, que surgió como resultado de la jornada con título “Necesidades de Conocimiento Ambiental en Chile”.

Esta experiencia inédita en Latinoamérica, se ha realizado en países como Estados Unidos, Reino Unido, Suecia y Canadá con excelentes resultados. Actividades como ésta permiten innovar en un marco de discusión democrática y participativa que busca diagnosticar y priorizar las necesidades de información esencial para orientar el país hacia el desarrollo sostenible.

Para el investigador CAPES UC, Rodrigo Arriagada, del Núcleo Milenio CESIEP y organizador de esta jornada, el acercamiento entre la ciencia y la política es fundamental: “Chile está en un momento crítico para reflexionar sobre el rol social de la ciencia en la toma de decisiones y amplios sectores han enfatizado la urgente necesidad de aumentar la inversión del país en ciencia”.

La apertura de evento estuvo a cargo de Jose Luis Samaniego, Director de la División de Desarrollo Sostenible y Asentamientos Humano de CEPAL, y de Fabián Jaksic, Director del Centro de Ecología Aplicada y Sustentabilidad de CAPES UC.

CAPES 1

Rodrigo Arriagada realizó la presentación de resultados dando a conocer las 55 preguntas de Prioridades de conocimiento ambiental en Chile. Estas fueron ordenadas en cinco ejes temáticos: Conservación y Sostenibilidad; Biodiversidad; Gobernanza; Conocimiento y Contexto Social; y Factores de Presión, los cuales fueron definidos entre científicos, tomadores de decisiones, empresas, financistas de ciencia y la sociedad civil. Esta iniciativa, generó un canal de comunicación entre todos los actores para definir prioridades en los vacíos de información, en la evidencia controversial y en los procesos donde nueva información científica puede ser utilizada en procesos de diseño y evaluación de políticas públicas.

El evento incluyó una mesa de diálogo donde se analizaron en detalle los resultados de presentados por Arriagada. Participaron Rafael Palacios, gerente de Políticas Públicas y Desarrollo de la SOFOFA representando a la empresa; Isabel Meneses, directora del programa de Investigación Asociativa de CONICYT representando a los financistas de la ciencia; Sara Larraín, directora de Chile Sustentable, representando a la sociedad civil organizada; Juan José Donoso, jefe de la división de Recursos Naturales y Biodiversidad representando al Ministerio de Medio Ambiente; el senador Guido Girardi representando al Senado; y Laura Gallardo, directora del Centro de Ciencia del clima y la Resiliencia, representando a la academia. Las palabras de cierre estuvieron a cargo de Carolina Torrealba, directora de la Iniciativa Milenio del Ministerio de Economía.

El proceso

Se inició en septiembre de 2017 con un cuestionario abierto donde más de 100 personas seleccionadas entre investigadores, gobierno, ONG, financistas de la ciencia, empresas privadas y sociedad civil ligadas al medioambiente tuvieron la oportunidad de enviar sus inquietudes en formato de pregunta de investigación- sobre los principales vacíos de conocimiento ambiental en el país.

Luego, el equipo de la iniciativa formado por el Núcleo Milenio CESIEP UC, el Centro de Ecología Aplicada y Sustentabilidad CAPES UC y la División de Desarrollo Sostenible y Asentamientos Humanos de la CEPAL, categorizó las 500 preguntas recibidas, las que fueron divididas en doce grupos y ordenadas en cinco ejes temáticos: Conservación y Sostenibilidad; Biodiversidad; Gobernanza; Conocimiento y Contexto Social; y Factores de Presión.

Estas preguntas fueron parte de una votación online, donde los expertos priorizaron acorde a su relevancia en el contexto ambiental del país y que apuntaban a los vacíos de conocimiento en materia ambiental para, de esta forma, asegurar políticas que lleven a un desarrollo sostenible. Las elegidas como prioritarias fueron las 100 preguntas con la que los expertos trabajaron en el Taller realizado en la CEPAL el año pasado y donde discutieron, seleccionaron y votaron por las 55 que fueron recientemente dadas a conocer.

Fotografías e info. directa de Luz V. Oppliger, Center of Applied Ecology and Sustainability (CAPES). 

Educar en contextos de vulnerabilidad, un paso más para la ciencia

Publicado el Viernes, 13 Julio 2018 14:01

Fresno 3El martes 10 de julio se realizó la actividad final del curso Tópicos en Bioquímica 2018 de la Pontificia Universidad Católica en el Colegio Fresno en Puente Alto. La actividad liderada por la Profesora y actual Directora de Genética Molecular y Microbiología, Mónica Vásquez, contó con la visita de 52 alumnos de pregrado, dos profesoras y un ayudante del curso.

La Facultad de Ciencias Biológicas en conjunto con la Pontificia Universidad Católica busca formar a sus estudiantes con una visión amplia de la realidad en nuestro país para generar un pensamiento crítico en los futuros profesionales. Ante esto la FCB y la Red de Colegios de Fundación Belén Educa invitan a participar a profesores y alumnos de pregrado en proyectos que busquen educar, formar y capacitar a personas de escasos recursos, entregándoles herramientas que les permitan salir adelante mediante la difusión científica.

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La última actividad del semestre titulada “Tópicos de Bioquímica” estuvo liderada por la Profesora y actual Directora del Departamento de Genética Molecular y Microbiología, Mónica Vásquez, la profesora Verónica Eisner (co-encargada del curso), y con ellas Viviana Valdés (de la Dirección de Pre-grado) y Javier Tamayo  (ayudante del curso). La actividad estuvo enmarcada en la presentación final de 52 alumnos de primer año de la Carrera de Bioquímica, quienes muy expectantes e inquietos repasaban su clase durante la visita a terreno.

El colegio Fresno de Puente Alto es uno de los seleccionados de los 12 colegios de la red para participar en las actividades de Difusión Científica. En la actividad del martes participaron tres 8°, 1°Medios y 2°medios. Un total de 200 alumnos.

La actividad fue preparada por diferentes grupos de trabajo. Con una presentación en formato digital que exponía un artículo científico y una ronda de preguntas al finalizar, los alumnos supieron llevar adelante con gran virtud una clase que fue evaluada por la profesora Verónica Eisner, Mónica Vásquez y el ayudante Javier Tamayo.

Mónica Vásquez nos enfatiza lo fundamental que es difundir las ciencias:

“En esta oportunidad quisimos hacerlo pensando en colegios que tienen poca o nula posibilidad de establecer contactos con profesionales y estudiantes de una carrera científica. Por eso hicimos que los estudiantes de Bioquímica de primer año pudieran tomar un artículo científico, entenderlo, convertirlo en una presentación en lenguaje sencillo y lograr en 15 minutos transmitir un mensaje”. 

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Para los alumnos de básica y media la posibilidad de tener una visita a terreno de universitarios no solo es una gran oportunidad para aprender sino que también es una instancia para conocer y soñar. “Me gustó mucho esta presentación porque nos enseñan cómo es estudiar en la universidad y me gustaría seguir aprendiendo estos procesos que uno aún no conoce por eso quisiera tener más de estas actividades en mi colegio”, nos cuenta una emocionada y nerviosa Yamile Cortes del Curso 8b.

Para la red de colegios Belén Educa, tener la visita de estudiantes y profesores es un privilegio muy valorado porque el trabajo que se logra desarrollar en el aula es una oportunidad para los niños y profesores del colegio. Según Eduardo Mejías, Profesor y Coordinador de Ciencias de Fundación Belén Educa esta iniciativa “ayuda a potenciar intereses en el área de las ciencias porque los niños y niñas se vinculan más de cerca con científicos y logran ampliar sus intereses; sobre todo en el área de las ciencias que siempre es una materia que cuesta”. 

La actividad finalizó a las 13:30 horas. Los alumnos y profesores se retiran felices, llenos de alegría y emoción por el compromiso adquirido. La profesora Mónica espera en un futuro recibir a los alumnos del Colegio Fresno en nuestra Facultad y que asistan a nuevos talleres. “Espero volver a trasladar la ciencia a la comunidad”, finaliza. 

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Primera actividad del convenio 

El 21 de junio se realizó la primera actividad 2018 del convenio nuestra Facultad y la red de colegios Belén Educa. Ese día vinieron a nuestros laboratorios más de 50 alumnos de 1º y 2º medio, seleccionados de 12 colegios de la red para participar en una actividad de difusión científica.

La actividad fue preparada por los alumnos del Programa de Enseñanza Media en Biología, como parte de la formación que reciben en el curso “Diseño de laboratorios de Biología” donde aprenden a diseñar ejercicios de laboratorio.

La profesora encargada de esta actividad fue Aurora Gaxiola, académica del Departamento de Ecología, quien cuenta que "esta actividad es un gran desafío para los alumnos del programa, ya que deben crear un laboratorio con un concepto biológico del programa de 7º a 1º medio que sea novedoso y que funcione al ponerlo en práctica". 

"Para eso los alumnos realizan un trabajo previo en al menos dos sesiones, donde diseñan la actividad y luego la ponen en práctica entre ellos mismos para ver cómo funciona". Aún así, cuenta Aurora, el momento mismo de la ejecución ocurren imprevistos que los alumnos deben saber sortear. La profesora también los desafía a incorporar nuevos temas. Por ejemplo, en esta actividad un grupo se atrevió a tratar un tema de inmunología y otro de microbiología.

Para la red de colegios Belén Educa, visitar la Facultad de Ciencias Biológicas es un privilegio muy valorado. Tanto así que los asistentes fueron elegidos de entre 12 colegios por el interés científico demostrado por los estudiantes. 

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El profesor del DBCM Waldo Cerpa aborda problemáticas asociadas al consumo de drogas y alcohol en etapa adolescente.

Publicado el Jueves, 12 Julio 2018 13:55

Waldo perfilEl pasado miércoles 4 de julio en el Colegio Santa María de los Ángeles de la comuna de La Cisterna, la Corte de Apelaciones de San Miguel presentó la obra teatral “El trencito” frente a 250 alumnos. Esta actividad es parte de Difusión Jurídica en la que se abordan las problemáticas asociadas al consumo de drogas y alcohol con la comisión de delitos.

La actividad contó con representantes del Ministerio Público, el Servicio Nacional de Drogas y Alcohol (Senda), funcionarios judiciales y un panel de expertos conformado por la propia Magistrada Pizarro, la Jefa de Unidad de Víctimas, Leticia Fuentes, testigos de la Fiscalía Regional Metropolitana Sur y el profesor Waldo Cerpa, investigador del Centro para el estudio del consumo de alcohol en adolescentes (CIAA) y actual Director del Departamento de Biología Celular y Molecular de la Pontificia Universidad Católica.

Tras la presentación artística, se mostraron casos de algunos jóvenes infractores de Ley, la disminución de riesgos y el funcionamiento de los Tribunales de Tratamiento de Drogas.

Además el panel conformado con expertos pudo contestar inquietudes del público asistente. A raíz de esta iniciativa conversamos con Waldo Cerpa sobre la misión de CIAA en nuestro país. Esto fue lo que nos contó:

En el CIAA tenemos como objetivo realizar investigación colaborativa en el contexto del consumo de alcohol en etapa adolescente, esto bajo el alero del financiamiento de un Proyecto Anillo PIA-Conicyt (Programa de Investigación Asociativa – Conicyt).

Específicamente qué estudian…

Estudiamos de manera específica el papel de ciertos núcleos cerebrales en la respuesta, oxidativa, inflamatoria y metabólica a la ingesta de alcohol con un patrón específico, el atracón o “Binge-drinking”. Debido al impacto de nuestra investigación en un problema país, como es el consumo de alcohol y drogas, pensamos que nuestras actividades deben ir más allá de la investigación. En este contexto nuestro compromiso en difusión y vinculación es muy importante en nuestro quehacer.

Participaste en el panel de expertos del plan de difusión…

En el contexto de las actividades de vinculación con el medio del Centro de investigación para el estudio de la conducta del consumo de alcohol en adolescentes, participo como miembro del panel de expertos de las actividades del plan de difusión de la corte de apelaciones de San Miguel.

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¿Qué se abordan en estas visitas?

Bueno, el pasado miércoles se llevó a cabo la tercera visita a estos colegios. En estas visitas se abordan las problemáticas asociadas al consumo de drogas y alcohol con la comisión de delitos. Los estudiantes ven la obra “el trencito”, se expone sobre el funcionamiento de los tribunales de tratamientos de drogas y finalmente un grupo de expertos de SENDA, del juzgado de garantía, de la fiscalía y yo, respondemos dudas y hacemos aclaraciones a las consultas de los adolescentes que asisten a esta jornada.

¿Cuánto duran estas jornadas?

Estas jornadas se mantienen durante lo que resta del 2018.

Para conocer en profundidad la iniciativa de CIAA ingresa al siguiente link: http://ciaa.cl/ 

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Fotografía: Obra el "Trencito"  de la Corte de Apelaciones San Miguel