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PLOS Open Source Toolkit destaca a estudiantes y profesores de FCB por proyecto de hardware abierto

Miércoles, 11 Julio 2018

Plos portadaUna reciente publicación de la Biblioteca Pública de Ciencias (Public Library of Science) destaca el Premio PLoS Open Source Toolkit 2018 otorgado a dos estudiantes del Instituto de Ingeniería Biológica y Médica (IIBM), Isaac Nuñez y Tamara Matute, y profesores de la Facultad de Ciencias Biológicas.

El premio posiciona concretamente a la Pontificia Universidad Católica de Chile en la comunidad open-source por el desarrollo de un equipo de libre acceso y bajo costo para el registro de imágenes de fluorescencia multicanal y a diferentes escalas. La investigación fue liderada por tres profesores del cuerpo académico, Tim Rudge, Juan Keymer y Fernán Federici

La implementación de un software libre se puede utilizar en muchos aspectos informáticos pero donde ha crecido más fuerte han sido en las aplicaciones web. Muchas entidades públicas y privadas tienen sus sitios internet desarrollados con OS y nuestro país no se queda atrás ya que investigadores, desarrolladores y estudiantes están derribando tabúes en el mundo del “código abierto”. El hardware científico abierto, rescata esta filosofía y la aplica al desarrollo de dispositivos científicos de libre acceso.

Recientemente dos estudiantes recibieron el premio PLOS Open Source Toolkit de 2018 que fue otorgado por el desarrollo de un equipo de libre acceso y bajo costo para el registro de imágenes de fluorescencia multicanal y a diferentes escalas. El enfoque de libre acceso utilizado implica que se deja disponible todo lo generado para volver ser copiado, adaptado, modificado, mezclado o vendido.

PLOS web

Para poner en práctica este enfoque, es necesario hacer una documentación adecuada y completa de todos los archivos fuente, códigos e instrucciones, así como del proceso de desarrollo y toma de decisiones. 

Cada día, esta forma de hacer ciencia y tecnología está siendo adoptada por más grupos de científicos y desarrolladores lo que ha acelerado la creación de herramientas de bajo costo disponibles para ser implementadas en diferentes entornos científicos, educativos y ciudadanos. Tamara Matute, estudiante de IIBM nos cuenta de su investigación conjunta en relación al premio:

Tamara“En cuanto a la tecnología creada, el equipo permite registrar imágenes de fluorescencia de componentes excitados por luz azul (e.g. como proteínas fluorescentes y tinciones de ADN). Para desarrollar el sistema se probaron diferentes proteínas fluorescentes excitables con esta luz y emisión en distintas longitudes de onda, con el fin de ajustar el mejor set posible y eliminar la necesidad de utilizar múltiples filtros de emisión de luz y recepción de señal. Por otra parte, el sistema fue diseñado para utilizar métodos de registro de imágenes versátiles, desde una cámara celular hasta el sistema Raspberry pi para realizar series temporales de los procesos biológicos en estudio”.

El trabajo según Isaac Nuñez incluye recursos computacionales para el procesamiento de imágenes y análisis de datos obtenidos a partir de ellas. “Esperamos que esta herramienta sea utilizada por investigadores, educadores y estudiantes de todos los niveles. En el campo de la investigación, es útil para obtener datos cuantificables sobre dinámicas de crecimiento e interacción en poblaciones de microorganismos, visualización de la expresión genética, y usos más cotidianos como observación de geles de electroforesis”, agrega. 

IsaacPara futuros estudiantes y educadores, esta es una herramienta poderosa que permite llevar a cabo experimentos cuantitativos simples sobre el comportamiento biológico (algo necesario y escaso en la enseñanza de las ciencias biológicas), y su diseño abierto da la posibilidad de adquirir competencias en torno al diseño, electrónica y programación. Además, debido a que es una herramienta de bajo costo, es posible fabricarla y usarla en diversos contextos que generalmente tienen poco o nulo acceso a tecnología, como escuelas vulnerables.

“Estamos muy contentos, principalmente porque en nuestro contexto local, el código abierto no se entiende bien o simplemente se desconoce. Desafortunadamente, en estos momentos una gran parte de las instituciones y los fondos de financiamiento se enfoca solo en el desarrollo privativo de la ciencia, sin dar espacio a otros tipos de enfoques que están creciendo a nivel mundial”, nos comentan los estudiantes.

Este trabajo fue guiado por tres profes de FCB, Tim Rudge, Juan Keymer, y Fernán Federici, quienes consideraron desde un principio que esta investigación sería un gran aporte para avanzar en la comprensión de las tecnologías abiertas tanto para la comunidad científica como para la sociedad chilena. Para mayor información o revisar la entrevista completa, ingresa a: http://journals.plos.org/plosone/ o al siguiente link http://researchnews.plos.org/2018/07/04/shedding-light/