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Secuenciación y Tecnologías ómicas



Contacto

  • Andrea Leiva
    Coordinadora y encargada servicio secuenciación NGS
  • Teléfono: 223549243
  • Mail:

  • Jorge Cantero
    Encargado servicio espectrometría de masas
  • Teléfono: 223549243
  • Mail:

  • Gioconda Peralta
    Encargada servicio de secuenciación capilar
  • Teléfono: 223549243
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La Unidad de Secuenciación y Tecnologías Ómicas, reúne los servicios de secuenciación capilar, secuenciación NGS y espectrometría de masas; para cada uno de los servicios se puede analizar la factibilidad de realizar la preparación de muestra y secuenciación o análisis que el usuario necesite.

El servicio de Secuenciación Capilar cuenta con dos secuenciadores Applied Biosystem, 3130XL y 3500XL. Se realiza secuenciación de ADN y genotipado, además del servicio de desarrollo de microsatélites.

La Secuenciación NGS posee un secuenciador Ion Torrent S5, Ion Chef para la preparación automatizada de genotecas de secuenciación en Ion Torrent, secuenciador Illumina MiSeq, acceso a un secuenciador Illumina NextSeq y HiScan para análisis de microarrays. Se realiza la preparación de genotecas de ADN, ARN, amplicones, metagenómica y secuenciación en los equipos antes mencionados.

El servicio de Espectrometría de masas cuenta con un espectrómetro Compact QTOF MS + Elute UHPLC y acceso a un espectrómetro Exactive Plus EMR de tipo Orbitrap, con estos equipos se hacen análisis de proteómica, metabolómica, proteína nativa y lipidómica.

En esta sección es posible encontrar información de publicaciones relacionadas con nuestros servicios. En una primera sección se puede acceder a Publicaciones que han contado con el apoyo de nuestro equipamiento y personal. Una segunda seccion cuenta con publicaciones relacionadas con técnicas y métodos de preparación de muestras, además de otros documentos relacionados con investigaciones que se pueden realizar utilizando nuestros servicios.


Año Equipo Autores Título Revista Aplicación / Metodología Link
2011Secuenciador genético ABI 310Verónica Quirici, Sylvain Faugeron, Loren D. Hayes & Luis A. Ebensperger…Absence of kin structure in a population of group-living rodent Octodon degusBehavioral EcologyAPLICACIÓNLinkoffspring associations, relatedness, social groups, spatial genetic autocorrelation analysis.
2011Secuenciador genético ABI 310Mariela C. Núñez-Ávila, Marría Uriarte, Pablo A. Marquet & Juan J. Armesto…Microsatellite markers for the relict tree Aextoxicon punctatum: The only species in the Chilean Endemic Family AextoxicaceaeAmerican Journal of BotanyAPLICACIÓNLinkavian seed dispersal, Chilean temperate rainforests, dioecious tree, historical geographic range fragmentation.
2013Secuenciador genético ABI 3130XLPaulina G. Ossa, Fernanda Pérez & Juan J. Armesto…Phylogeography of two closely related species of Nolana from the coastal Atacama Desert of Chile: post-glacial population expansions in response to climate fluctuationsJournal of BiogeographyAPLICACIÓNLinkCoastal Atacama Desert, cpDNA, Nolana, perennial shrub, plant phylogeography
2016Secuenciador genético ABI 3130XLLoreto A. Correa, Cecilia León, Juan Ramírez-Estrada, Mauricio Soto-Gamboa, Roger D. Sepúlveda & Luis A. Ebensperger…Masculinized females produce heavier offspring in a group living rodentJournal of Animal EcologyAPLICACIÓNLinkfemale alternative morphotype, female masculinization, maternal effects, reproductive traits, social context
2017Secuenciador genético ABI 3130XLRamiro O. Bustamante, América P. Durán, Francisco T. Peña-Gómez & David Véliz…Genetic and phenotypic variation, dispersal limitation and reproductive success in the invasive herb Eschscholzia californica along an elevation gradient in central ChilePlant Ecology & DiversityAPLICACIÓNLinkAndean mountains, central Chile, elevation gradient, genetic diversity, plasticity
2018Secuenciador genético ABI 3130XLLoreto A. Correa, Cecilia León, Juan Ramírez-Estrada, Álvaro Ly-Prieto, Sebastián Abades, Loren D. Hayes, Mauricio Soto-…Highly masculinized and younger males attain higher reproductive success in a social rodentBehavioral EcologyAPLICACIÓNLinkanogenital distance, highly masculinized males, male morphotype, reproductive success, slightly masculinized males
2018Secuenciador genético ABI 3500XLIngrid. E. Alvial, Hebert A. Vargas, María Marinov, Carlos Esquivel, J. Araya, Raúl Araya-Donoso, Irma Vila & David Véli…Isolation on a remote island: genetic and morphological differentiation of a cosmopolitan odonateHeredityAPLICACIÓNLinkgeographical isolation, population structure, odonate, genetic diversity, insular sites
2018Secuenciador genético ABI 3500XLRonald Huarachi-Olivera, Alex Dueñas-Gonza , Ursulo Yapo-Pari , Patricia Vega, Margiht Romero-Ugarte, Juan Tapia, Luis M…Bioelectrogenesis with microbial fuel cells (MFCs) using the microalga Chlorella vulgaris and bacterial communitiesElectronic Journal of BiotechnologyAPLICACIÓNLinkBiodepuration, Bioelectrocharacterization, Biofilm, Chamber, Chlorophyll
2018Secuenciador genético ABI 3500XLErika Meerhoff, Beatriz Yannicelli, Boris Dewitte, Ernesto Díaz-Cabrera, Caren Vega-Retter, Marcel Ramos, Luis Bravo, Em…Asymmetric connectivity of the lobster Panulirus pascuensis in remote islands of the southern Pacific: importance for its management and conservationBulletin of Marine ScienceAPLICACIÓNLinkmarine connectivity, lobster, conservation, public policies, Eastern Island
2018Secuenciador genético ABI 3500XLJaime Solano, Leonardo Anabalón, Sylvia Figueroa, Cristian Lizama, Luis Chávez Reyes & David Gangitano…Psychedelic fungus (Psilocybe sp.) authentication in a case of illegal drug traffic: Sporological, molecular analysis and identification of the psychoactive substanceScience & JusticeAPLICACIÓNLinkForensic plant science, psychedelic fungus, Psilocybe, high resolution melting analysis
2019Secuenciador genético ABI 3500XLJuan Castro-Severyn, Coral Pardo-Esté, Yoelvis Sulbaran, Carolina Cabezas, Valentina Gariazzo, Alan Briones, Naiyulin Mo…Arsenic response of three altiplanic Exiguobacterium strains with different tolerance levels against the metalloid species : a proteomics studyFrontiers in MicrobiologyAPLICACIÓNLinkExiguobacterium, arsenic, tolerance, proteomic, polyextremophile
2019Secuenciador genético ABI 3500XLPaulo S. Zepeda, Enrique Rodríguez-Serrano, Fernando Torres-Pérez, Juan L. Celis-Diez & R. Eduardo Palma…Genetic variability and structure of the Olive Field Mouse: a sigmodontine rodent in a biodiversity hotspot of southern ChilePeerJAPLICACIÓNLinkAbrothrix olivacea, Temperate rainforest, Microsatellites, Genetic structure, Genetic variability
2020Secuenciador genético ABI 3500XLNallatt Ocarez, Nicolás Jiménez, Reynaldo Núñez, Rocco Perniola, Antonio Domenico Marsico, Maria Francesca Cardone, Carl…Unraveling the Deep Genetic Architecture for Seedlessness in Grapevine and the Development and Validation of a New Set of Markers for VviAGL11-Based Gene-Assisted SelectionGenesAPLICACIÓNLinkseedlessness, stenospermocarpy, QTLs, SNPs, SSRs
2020Secuenciador genético ABI 3500XLDavid Veliz, Noemi Rojas-Hernández, Sylvia V. Copaja & Caren Vega-Retter…Temporal changes in gene expression and genotype frequency of the ornithine decarboxylase gene in native silverside Basilichthys microlepidotus: Impact of wastewater reduction due to implementation of public policiesEvolutionary ApplicationsAPLICACIÓNLinkfreshwater, Maipo River Basin, ornithine decarboxylase, public policies, silverside
2020Secuenciador genético ABI 3500XLJuan Castro-Severyn, Coral Pardo-Esté, Katterinne N. Mendez, Naiyulin Morales, Sebastián L. Marquez, Franck Molina, Fran…Genomic Variation and Arsenic Tolerance Emerged as Niche Specific Adaptations by Different Exiguobacterium Strains Isolated From the Extreme Salar de Huasco Environment in Chilean – AltiplanoFrontiers in MicrobiologyAPLICACIÓNLinkExiguobacterium genus, genomics, arsenic, niche, poly-extremophilic
2020Secuenciador genético ABI 3500XLEvelyn Valencia, Erika Meerhoff, Ernesto Díaz-Cabrera, Felipe Guerrero, Noemi Roja-Hernández, Caren Vega-Retter & David …Weak connectivity and population cohesiveness in rudderfish Kyphosus sandwicensis (Teleostei: Kyphosidae) inhabiting remote oceanic islandsAquatic Conservation: Marine and Freshwater EcosystemsAPLICACIÓNLinkmarine protected areas, population connectivity, Rapa Nui ecoregion, reef-associated fish
1975Frederick Sanger & Alan R. Coulson…A Rapid Method for Determining Sequences in DNA by Primed Synthesis with DNA PolymeraseJournal of Molecular BiologyMETODOLOGÍALinkDNA sequencing, chain terminations reactions, dideoxynucleoside, technique
1977Frederick Sanger, S. Nicklen & Alan R. Coulson…DNA sequencing with chain-terminating inhibitorsProceedings of the National Academy of Sciences USAMETODOLOGÍALinksequences, oligonucleotide, DNA polymerase, technique
1985William J. Martin, John R. Warmington, Bohdan R. Galinski, Michael Gallagher, R. Wayne Davies, Maurice S. Beck & Stephen…Automation of DNA Sequencing: A system to perform the Sanger dideoxysequencing reactionsNature BiotechnologyMETODOLOGÍALinkDNA sequencing, Sanger, chain terminations reactions
1986Lloyd M. Smith, Jane Z. Sanders, Robert J. Kaiser, Peter Hughes, Chris Dodd, Charles R. Connell, Cheryl Heiner, Stephen …Fluorescence detection in automated DNA sequence analysisNatureMETODOLOGÍALinkDNA sequencing, automation, fluorescence detection,
1988Juergen Zimmermann, Hartmut Voss, Christian Schwager, Joseph Stegemann & Wilhelm Ansorge…Automated Sanger dideoxy sequencing reaction protocolElsevier Science Publishers B. V. (Biomedical Division)METODOLOGÍALinkDNA sequencing, Dideoxy reaction, Automated sequencing
1997Barnett. B. Rosenblum, Linda G. Lee, Sandra L. Spurgeon, Shaheer H. Khan, Steven M. Menchen, Cheryl R. Heiner & Shyi-Min…New dye-labeled terminators for improved DNA sequencing patternsNucleic Acids ResearchMETODOLOGÍALinkDNA sequencing, dye-labeled terminators, dideoxynucleoside
2005Robert J. Meagher, Jong-In Won, Laurette C. McCormick, Sorin Nedelcu, Martin M. Bertrand, Jordan L. Bertram, Guy Drouin,…End-labeled free-solution electrophoresis of DNAElectrophoresisMETODOLOGÍALinkBioconjugates, Capillary electrophoresis, DNA-polymer conjugates, DNA sequencing, Drag-tags
2007Bantscheff, M., Schirle, M., Sweetman, G., Rick, J., & Kuster, B.…Quantitative mass spectrometry in proteomics: a critical reviewAnalytical and Bioanalytical ChemistryMETODOLOGÍALinkproteomics
2006Haag, Anthony M.…Mass Analyzers and Mass SpectrometersModern Proteomics – Sample Preparation, Analysis and Practical ApplicationsMETODOLOGÍALinkmass spectrometry
2008Heck, Albert J R.…Native mass spectrometry: a bridge between interactomics and structural biologyNature MethodsMETODOLOGÍALinknative mass spectrometry
2014Konermann, L, S Vahidi, and M A Sowole…Mass Spectrometry Methods for Studying Structure and Dynamics of Biological MacromoleculesAnalytical ChemistryMETODOLOGÍALinkmass spectrometry, biomolecules
2016Leney, A. C., & Heck, A. J. R.…Native Mass Spectrometry: What is in the Name?Journal of The American Society for Mass SpectrometryMETODOLOGÍALinknative mass spectrometry
2017Liu, X., & Locasale, J. W.…Metabolomics: A PrimerTrends in Biochemical SciencesMETODOLOGÍALinkmetabolomics
2016Lössl, P., Waterbeemd, M., & Heck, A. J.…The diverse and expanding role of mass spectrometry in structural and molecular biologyThe EMBO JournalMETODOLOGÍALinkmass spectrometry
2016Savaryn, J. P., Toby, T. K., & Kelleher, N. L.…A researcher’s guide to mass spectrometry-based proteomicsProteomicsMETODOLOGÍALinkproteomics
2014Smith, R., Mathis, A. D., Ventura, D., & Prince, J. T.…Proteomics, lipidomics, metabolomics: A mass spectrometry tutorial from a computer scientist’s point of viewBMC BioinformaticsMETODOLOGÍALinkproteomics, metabolomics, lipidomics
2004Steen, H., & Mann, M.…The ABC’s (and XYZ’s) of peptide sequencingNature Reviews Molecular Cell BiologyMETODOLOGÍALinkproteomics, peptide
2013Zhang, Y., Fonslow, B. R., Shan, B., Baek, M. C., & Yates, J. R.…Protein analysis by shotgun/bottom-up proteomicsChemical ReviewsMETODOLOGÍALinkproteomics, peptide
2016Cajka, T., & Fiehn, O.…Toward Merging Untargeted and Targeted Methods in Mass Spectrometry-Based Metabolomics and LipidomicsAnalytical ChemistryMETODOLOGÍALinkmetabolomics, lipidomics
2016W. Gu, E. D. Crawford, B. D. O’Donovan, M. R. Wilson, E. D. Chow, H. Retallack and J. L. DeRisi…Depletion of Abundant Sequences by Hybridization (DASH): using Cas9 to remove unwanted high-abundance species in sequencing libraries and molecular counting applicationsGenome BiologyMETODOLOGÍALinkCas9, CRISPR, Depletion, Sequencing, RNA-Seq, Infectious Disease, Cancecr, Diagnostics
2011J. Gregory Caporaso, Christian L. Lauber, William A. Walters, Donna Berg-Lyons, Catherine A. Lozupone, Peter J. Turnbaug…Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per samplePNASMETODOLOGÍALinkhuman microbiome, microbial community analysis, microbial ecology, next-generation sequencing, 16S
2012J Gregory Caporaso, Christian L Lauber, William A Walters, Donna Berg-Lyons, James Huntley, Noah Fierer, Sarah M Owens, …Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platformsThe ISME JournalMETODOLOGÍALinkIllumina; barcoded sequencing; QIIME
2018Gustavo Rodríguez-Alonso, Svetlana Shishkova…ESTUDIO DEL TRANSCRIPTOMA MEDIANTE RNA-SEQ CON ÉNFASIS EN LAS ESPECIES VEGETALES NO MODELO*Revista de Educación BioquímicaMETODOLOGÍALinkTranscriptoma, RNA-seq, Organismos no modelo, Illumina, Secuenciación masiva.
2013Iraad F. Bronner, Michael A. Quail, Daniel J. Turner, and Harold Swerdlow…Improved Protocols for Illumina SequencingEurope PMC Author ManuscriptsMETODOLOGÍALinkIllumina, Next-Generation, Sequencer, Protocols
2017Olga E. Petrova, FernandoGarcia-Alcalde, Claudia Zampaloni & Karin Sauer…Comparative evaluation of rRNA depletion procedures for the improved analysis of bacterial biofilm and mixed pathogen culture transcriptomesScientific ReportsMETODOLOGÍALinkrRNA, depletion, sequencing
2015Dustin R. Masser, David R. Stanford, Willard M. Freeman…Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation SequencingJournal of Visualized ExperimentsMETODOLOGÍALinkMolecular Biology, Issue 96, Epigenetics, DNA methylation, next-generation sequencing, bioinformatics, gene expression, cytosine, CpG, gene expression regulation
2016Unai López de Heredia…Las técnicas de secuenciación masiva en el estudio de la diversidad biológica.Munibe Ciencias NaturalesMETODOLOGÍALinkgenoma, RAD-seq, RNA-seq, secuenciación masiva, SNP, transcriptoma.
2016Elena Marmesat, Laura Soriano, Camila J. Mazzoni, Simone Sommer, José A. Godoy…PCR Strategies for Complete Allele Calling in Multigene Families Using High-Throughput Sequencing ApproachesMETODOLOGÍALinkgenomics, alleles, PCR, NGS