UC
GENÉTICA MOLECULAR Y MICROBIOLOGÍA

GUTIÉRREZ ILABACA,RODRIGO ANTONIO

Rodrigo Antonio GutiÉrrez Ilabaca Rodrigo Antonio Gutiérrez Ilabaca

Laboratorio: 686-2663
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Profesor Titular

Biología de Sistemas Vegetales

GENÉTICA MOLECULAR Y MICROBIOLOGÍA,
Facultad de Ciencias Biológicas,
Alameda 340, Departamento de Genética Molecular y Microbiología, Facultad de Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile, Santiago, Chile.

Antecedentes Académicos

Posdoctorado, University of Michigan (2003).
Doctor, University of Michigan (2003).
Magister, Pontificia Universidad Católica de Chile (1997).
Licenciado, Pontificia Universidad Católica de Chile (1993).

Postdoctorado:

Biología de Sistemas. Dept. of Biology, New York University 

Especialización:

Genómica, Bioinformática y Genética Molecular

Premios y Distinciones

  • International Early Career Scientist, Howard Hughes Medical Institute (2012).
  • Young Scientist Award, Grupo BIOS (2009).

Actividades de Docencia

Pregado
  • 2017 BIO325C-1, Biologia De Sistemas.
  • 2016 BIO325C-1, Biologia De Sistemas.
  • 2015 BIO325C-1, Biologia De Sistemas.
Postgrado
  • 2017 BIO4409-1, Principios Y Aplicaciones En Biología De Sistemas.
  • 2016 BIO4114-1, Biología Y Genética Molecular.
  • 2015 BIO4409-1, Principios Y Aplicaciones En Biología De Sistemas.

Líneas de Investigación

El objetivo de nuestro trabajo es entender como la señalización por nitrógeno, un nutriente fundamental para las plantas, interactúa con señales hormonales para controlar el crecimiento y desarrollo vegetal. Este conocimiento es esencial para mejorar la eficiencia de utilización de nitrógeno en las plantas, el contenido de aminoácidos en las semillas y otras características importantes en términos agrícolas, de nutrición y salud humana. Para responder esta pregunta utilizamos un enfoque novedoso de Biología de Sistemas que se basa en la iteración de las siguientes aproximaciones experimentales: 1) genómica funcional para caracterizar sitemáticamente los estados del sistema a nivel global; 2) integración de datos genómicos para la generación de modelos espacio temporales de redes regulatorias; 3) genética molecular para entender los mecanismos moleculares y la función de genes específicos en la respuesta a cambios en la disponibilidad de nitrógeno en plantas. La combinación de enfoques informáticos que integran información diversa, con experimentación en genética molecular y genómica funcional es efectiva para entender mecanismos regulatorios.

Nuestra investigación tiene importancia básica y aplicada. Entender cómo las plantas responden a los nutrientes y cómo esta regulación es integrada con otros procesos fisiológicos de la planta es esencial para diseñar estrategias con el fin de mejorar características de importancia agrícola.

Impacto de nuestra investigación

Nuestra investigación generará conocimiento sobre los mecanismos moleculares de percepción y respuesta a nitrógeno en plantas. Entender estos procesos tiene importancia desde el punto de vista ambiental, dado que el exceso de fertilizantes provoca problemas de contaminación. Por otro lado, la disponibilidad de nitrógeno puede ser un factor limitante en la productividad agrícola. La identificación de los factores involucrados en la regulación de la respuesta a nitrógeno podría dar pie a su manipulación para optimizar la asimilación y utilización del nitrógeno in vivo. La optimización del uso del nitrógeno en plantas tiene evidentes beneficios económicos y serviría para reducir la gran cantidad de fertilizantes utilizados en la agricultura. Otras posibles aplicaciones podrían ser el diseño de estrategias para mejorar la calidad nutricional de las semillas, un tema importante para la agricultura y salud humana. Nuestro trabajo utiliza un enfoque novedoso basado en la combinación e iteración de estrategias experimentales (genética molecular, genómica) e informáticas (integración y minería de datos y análisis de redes) para generar y poner a prueba hipótesis sobre cómo el nitrógeno regula diversos procesos celulares. No obstante nuestro interés se concentra en las plantas, con Arabidopsis como organismo modelo, las herramientas informáticas que se generen son genéricas y aplicables a cualquier organismo cuyo genoma esté secuenciado.

VirtualPlant


Titulo: Science Cloud: A Platform For Collaborative Interdisciplinary Research
Año: 2015
Concurso e institución: Equipamiento Científico Y Tecnológico, CONICYT
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-11-2015
Fecha termino: 01-11-2016
Duración: 12 meses

Titulo: Evonet. A Phylogenomic And Systems Biology Approach To Identify Genes Underlying Plant Survival In Marginal, Low-N Soils
Año: 2015
Concurso e institución: , otro
Investigador principal: Coruzzi Gloria
Otros investigadores: Coruzzi Gloria, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-08-2015
Fecha termino: 01-08-2020
Duración: 60 meses

Titulo: Núcleo Milenio Biología Sintética Y Biología De Sistemas Vegetales (Nm-Bssv)
Año: 2015
Concurso e institución: Núcleo Milenio, MIDEPLAN
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio, Holuigue Barros Maria Loreto, Arce Johnson Jorge Patricio, Jordana De Buen Xavier, Gonzlez Ojeda Bernardo, Vega Contreras Andrea
Fecha inicio: 01-03-2015
Fecha termino: 01-03-2018
Duración: 36 meses

Titulo: Evaluation Of Plant Signaling Networks In Natural Environments
Año: 2015
Concurso e institución: , Comunidad Europea
Investigador principal: Blazquez Miguel
Otros investigadores: Blazquez Miguel, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-01-2015
Fecha termino: 01-06-2019
Duración: 53 meses

Titulo: Systems Biology To Dissect Early Events Of The Nitrate Signaling Pathway In Arabidopsis Thaliana
Año: 2014
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio, Vega Contreras Andrea
Fecha inicio: 01-03-2014
Fecha termino: 01-03-2018
Duración: 48 meses

Titulo: Caracterización In Vitro E In Silico De Sitios De Unión A Adn En Factores De Transcripción De La Familia Arf (Auxin Response Factor) En Arabidopsis Thaliana.
Año: 2013
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Slater Morales Alex William
Otros investigadores: Slater Morales Alex William, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-11-2013
Fecha termino: 01-11-2016
Duración: 36 meses

Titulo: Dissection Of The Mechanism Of Auxin Response To Nitrate And Its Role In The Modulation Of Root Development
Año: 2013
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Obrien Opazo Jos Antonio
Otros investigadores: Obrien Opazo Jose Antonio, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-11-2013
Fecha termino: 01-11-2016
Duración: 36 meses

Titulo: Identificación De Factores Moleculares Que Aumentan La Eficiencia Del Uso Del Nitrógeno En Oriza Sativa
Año: 2013
Concurso e institución: , Fundación Copec UC
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio, Vega Contreras Andrea
Fecha inicio: 01-03-2013
Fecha termino: 01-03-2015
Duración: 24 meses

Titulo: Acelerando Descubrimientos De Genómica Vegetal Y Humana Mediante Secuenciación De Última Generación, Genotipado A Gran Escala Y Expresión Génica Global Con La Plataforma Hiscansq De Illumina
Año: 2013
Concurso e institución: Equipamiento Científico Y Tecnológico, CONICYT
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio, Vega Contreras Andrea
Fecha inicio: 01-03-2013
Fecha termino: 01-05-2014
Duración: 14 meses

Titulo: Accelerating Discoveries In Plant And Human Genomics By Next Generation Sequencing High-Throughput Genotyping And Genome-Wide Expression With The Hiscansq Illumina Platform
Año: 2012
Concurso e institución: Equipamiento Científico Y Tecnológico, CONICYT
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-11-2012
Fecha termino: 01-11-2013
Duración: 12 meses

Titulo: Influencia Del Nitrato Durante La Transición Del Crecimiento Heterótrofo A Autótrofo En Arabidopsis Thaliana
Año: 2012
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Canales Carrasco Javier
Otros investigadores: Canales Carrasco Javier, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-10-2012
Fecha termino: 01-10-2015
Duración: 36 meses

Titulo: Towards An Understanding Of Plant Adaptation To Extreme Environmental Conditions In The Atacama Desert: A Metatranscriptomic Study
Año: 2012
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Pl-Gbor Henrietta
Otros investigadores: Pal-Gabor Henrietta, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-10-2012
Fecha termino: 01-02-2015
Duración: 28 meses

Titulo: Redes Regulatorias Que Controlan La Transición De Fase En Respuesta A Nitrógeno En Arabidopsis Thaliana
Año: 2011
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Bastias Barrientos Adriana
Otros investigadores: Bastias Barrientos Adriana, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-10-2011
Fecha termino: 01-07-2013
Duración: 21 meses

Titulo: Temporal And Spatial Nitrogen Regulatory Networks In Arabidopsis Thaliana
Año: 2010
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-03-2010
Fecha termino: 01-03-2014
Duración: 48 meses

Titulo: Effects Of Grapevine Viral Infections In The Berry Sugar-Mediated Regulation Of Flavonoid Biosynthesis Through Myb Transcription Factors
Año: 2010
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Arce Johnson Jorge Patricio
Otros investigadores: Arce Johnson Jorge Patricio, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-03-2010
Fecha termino: 01-03-2014
Duración: 48 meses

Titulo: Post-Transcriptional Nitrogen Regulatory Networks In The Control Of Floral Development
Año: 2009
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Gras Czopowski Diana
Otros investigadores: Gras Czopowski Diana, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-10-2009
Fecha termino: 01-10-2012
Duración: 36 meses

Titulo: Spatial-Temporal Network Inference For The Regulation Of Root Nitrogen Uptake In Arabidopsis Thaliana
Año: 2009
Concurso e institución: Anr, CONICYT
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio, Perez Acle Tomas Orlando, Soto Arriaza Alvaro, Lejay Laurence
Fecha inicio: 01-10-2009
Fecha termino: 01-10-2012
Duración: 36 meses

Titulo: Post-Transcriptional Nitrogen Regulatory Networks In The Control Of Plant Growth And Development
Año: 2009
Concurso e institución: , Otro
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-03-2009
Fecha termino: 01-03-2012
Duración: 36 meses

Titulo: To Develop The Virtual Museum Platform And "the Seven Plagues" Research Game
Año: 2008
Concurso e institución: , Otro
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-03-2008
Fecha termino: 01-03-2010
Duración: 24 meses

Titulo: Biosíntesis De Saxitoxina Y Cilindrospermopsina En La Cianobacteria,
Año: 2008
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Vasquez Perez Luz Monica
Otros investigadores: Vasquez Perez Luz Monica, Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-03-2008
Fecha termino: 01-03-2011
Duración: 36 meses

Titulo: Núcleo Milenio De Genómica Funcional De Plantas
Año: 2007
Concurso e institución: Núcleo Milenio, MIDEPLAN
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio, Holuigue Barros Maria Loreto, Jordana De Buen Xavier, Arce Johnson Jorge Patricio, Gonzalez Ojeda Bernardo, Orellana Lopez Ariel, Vega Contreras Andrea
Fecha inicio: 01-01-2007
Fecha termino: 01-01-2014
Duración: 84 meses

Titulo: Biologia De Sistemas Y Genomica Funcional Para Entender Los Mecanismo Moleculares De La Respuesta A Nitrogeno En Arabidopsis
Año: 2006
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-03-2006
Fecha termino: 01-03-2010
Duración: 48 meses

Titulo: Functional Genomics To Improve Nitrogen Use Efficiency In Plants
Año: 2006
Concurso e institución: , Otro
Investigador principal: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Otros investigadores: Gutierrez Ilabaca Rodrigo Antonio
Fecha inicio: 01-01-2006
Fecha termino: 01-01-2009
Duración: 36 meses


Publicaciones ISI

1
Genius: Web Server To Predict Local Gene Networks And Key Genes For Biological Functions
Autor(es): Puelma T, Araus V, Canales J , Vidal E, Cabello J, Soto A, Gutierrez R
Año: 2017.33:760-761.
Ref: Puelma T, Araus V, Canales J , Vidal E, Cabello J, Soto A, Gutierrez R. GENIUS: web server to predict local gene networks and key genes for biological functions. Bioinformatics. 2017;33(5):760-761.

2
Nitrate Signaling And Early Responses In Arabidopsis Roots
Autor(es): Undurraga S, Ibarra C, Fredes I, Gutierrez Ra
Año: 2017.68:2541-2551.10.1093/jxb/erx041
Ref: Undurraga S, Ibarra C, Fredes I, Gutierrez RA. Nitrate signaling and early responses in Arabidopsis roots. Journal Of Experimental Botany. 2017;68(10):2541-2551.

3
Nitrogen Cycling In An Extreme Hyperarid Environment Inferred From Delta N-15 Analyses Of Plants, Soils And Herbivore Diet
Autor(es): Diaz F, Frugone M, Gutierrez R, Latorre C
Año: 2016.6:1-11.
Ref: Diaz F, Frugone M, Gutierrez R, Latorre C. Nitrogen cycling in an extreme hyperarid environment inferred from delta N-15 analyses of plants, soils and herbivore diet. Scientific Reports. 2016;6:1-11.

4
Epidemiological, Clinical And Biochemical Characterization Of The P.(Ala359Asp) Smpd1 Variant Causing Niemann-Pick Disease Type B
Autor(es): Acuna M, Martinez P, Moraga C, He X, Moraga M, Hunter B, Nuernberg P, Gutierrez R, Gonzalez M, Schuchman E, Santos J, Miquel J, Mabe P, Zanlungo S
Año: 2016.24:208-213.
Ref: Acuna M, Martinez P, Moraga C, He X, Moraga M, Hunter B, Nuernberg P, Gutierrez R, Gonzalez M, Schuchman E, Santos J, Miquel J, Mabe P, Zanlungo S. Epidemiological, clinical and biochemical characterization of the p.(Ala359Asp) SMPD1 variant causing Niemann-Pick disease type B. European Journal Of Human Genetics. 2016;24(2):208-213.

5
Members Of Btb Gene Family Of Scaffold Proteins Suppress Nitrate Uptake And Nitrogen Use Efficiency
Autor(es): Araus V, Vidal E, Puelma T, Alamos S, Mieulet D, Guiderdoni E, Gutierrez R
Año: 2016.171:1523-1532.
Ref: Araus V, Vidal E, Puelma T, Alamos S, Mieulet D, Guiderdoni E, Gutierrez R. Members of BTB Gene Family of Scaffold Proteins Suppress Nitrate Uptake and Nitrogen Use Efficiency. Plant Physiology. 2016;171(2):1523-1532.

6
Nitrate Transport, Sensing, And Responses In Plants
Autor(es): O'brien J , Vega A, Bouguyon E, Krouk G, Gojon A, Coruzzi G, Gutierrez R
Año: 2016.9:837-856.
Ref: O'Brien J , Vega A, Bouguyon E, Krouk G, Gojon A, Coruzzi G, Gutierrez R. Nitrate Transport, Sensing, and Responses in Plants. Molecular Plant. 2016;9(6):837-856.

7
Use Of Transcriptomics And Co-Expression Networks To Analyze The Interconnections Between Nitrogen Assimilation And Photorespiratory Metabolism
Autor(es): Perez C, Moyano T, Garcia M, Canales J, Gutierrez R, Marquez A, Betti M
Año: 2016.67:3095-3108.
Ref: Perez C, Moyano T, Garcia M, Canales J, Gutierrez R, Marquez A, Betti M. Use of transcriptomics and co-expression networks to analyze the interconnections between nitrogen assimilation and photorespiratory metabolism. Journal Of Experimental Botany. 2016;67(10):3095-3108.

8
Mapping Transcription Factor Interactome Networks Using Halotag Protein Arrays
Autor(es): Yazaki J, Galli M , Kim A, Nito K, Aleman F, Chang K, Carvunis A, Quan R, Nguyen H, Song L, Alvarez J, Huang S, Chen H, Ramachandran N, Altmann S, Gutierrez R
Año: 2016.113:E4238-E4247.
Ref: Yazaki J, Galli M , Kim A, Nito K, Aleman F, Chang K, Carvunis A, Quan R, Nguyen H, Song L, Alvarez J, Huang S, Chen H, Ramachandran N, Altmann S, Gutierrez R. Mapping transcription factor interactome networks using HaloTag protein arrays. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of Ame. 2016;113(29):E4238-E4247.

9
Transcriptome Analysis Reveals Regulatory Networks Underlying Differential Susceptibility To Botrytis Cinerea In Response To Nitrogen Availability In Solanum Lycopersicum
Autor(es): Vega A, Canessa P, Hoppe G, Retamal I, Moyano Tc, Canales J, Gutiérrez Ra, Rubilar J
Año: 2015.6:1-17.10.3389/fpls.2015.00911.
Ref: Vega A, Canessa P, Hoppe G, Retamal I, Moyano TC, Canales J, Gutiérrez RA, Rubilar J. Transcriptome analysis reveals regulatory networks underlying differential susceptibility to Botrytis cinerea in response to nitrogen availability in Solanum lycopersicum. Frontiers in Plant Science. 2015;6(911):1-17.

10
Transcriptional Networks In The Nitrate Response Of Arabidopsis Thaliana
Autor(es): Vidal E, Alvarez J, Moyano T, Gutierrez R
Año: 2015.27:125-132.
Ref: Vidal E, Alvarez J, Moyano T, Gutierrez R. Transcriptional networks in the nitrate response of Arabidopsis thaliana. Current Opinion In Plant Biology. 2015;27:125-132.

11
The Calcium Ion Is A Second Messenger In The Nitrate Signaling Pathway Of Arabidopsis Thaliana
Autor(es): Riveras E, Alvarez Jm, Vidal Ea, Oses C, Vega A, Gutierrez Ra
Año: 2015.169:1397-1404.10.1104/pp.15.00961
Ref: Riveras E, Alvarez JM, Vidal EA, Oses C, Vega A, Gutiérrez RA. The Calcium Ion Is a Second Messenger in the Nitrate Signaling Pathway of Arabidopsis thaliana. Plant Physiology. 2015;169(2):1397-1404.

12
Systems Analysis Of Transcriptome Data Provides New Hypotheses About Arabidopsis Root Response To Nitrate Treatments
Autor(es): Canales J, Moyano T, Villarroel E, Gutierrez R
Año: 2014.5:1-14.
Ref: Canales J, Moyano T, Villarroel E, Gutierrez R. Systems analysis of transcriptome data provides new hypotheses about Arabidopsis root response to nitrate treatments. Frontiers In Plant Science. 2014;5(22):1-14.

13
Nitrogen Control Of Developmental Phase Transitions In Arabidopsis Thaliana
Autor(es): Vidal Elena, Moyano T, Canales J, Gutierrez R
Año: 2014.65:5611-5618.
Ref: Vidal Elena, Moyano T, Canales J, Gutierrez R. Nitrogen control of developmental phase transitions in Arabidopsis thaliana. Journal Of Experimental Botany. 2014;65(19):5611-5618.

14
Systems Approach Identifies Tga1 And Tga4 Transcription Factors As Important Regulatory Components Of The Nitrate Response Of Arabidopsis Thaliana Roots
Autor(es): Alvarez J, Riveras E, Vidal E, Gras Diana, Contreras-Lopez O, Tamayo K, Aceituno F, Gomez Isabel, Ruffel S, Lejay L, Jordana X, Gutierrez R
Año: 2014.80:1-13.
Ref: Alvarez J, Riveras E, Vidal E, Gras Diana, Contreras-Lopez O, Tamayo K, Aceituno F, Gomez Isabel, Ruffel S, Lejay L, Jordana X, Gutierrez R. Systems approach identifies TGA1 and TGA4 transcription factors as important regulatory components of the nitrate response of Arabidopsis thaliana roots. Plant Journal. 2014;80(1):1-13.

15
Nitrate Regulation Of Afb3 And Nac4 Gene Expression In Arabidopsis Roots Depends On Nrt1.1 Nitrate Transport Function
Autor(es): Vidal E, Alvarez J, Gutierrez R
Año: 2014.9:1-4.
Ref: Vidal E, Álvarez J, Gutiérrez R. Nitrate regulation of AFB3 and NAC4 gene expression in Arabidopsis roots depends on NRT1.1 nitrate transport function. Plant Signaling And Behavior. 2014;9:1-4.

16
Integrated Rna-Seq And Srna-Seq Analysis Identifies Novel Nitrate-Responsive Genes In Arabidopsis Thaliana Roots
Autor(es): Vidal E, Moyano T, Krouk G, Katari M, Tanurdzic M, Mccombie W, Coruzzi G, Gutierrez R
Año: 2013.14:1-15.
Ref: Vidal E, Moyano T, Krouk G, Katari M, Tanurdzic M, McCombie W, Coruzzi G, Gutiérrez R. Integrated RNA-seq and sRNA-seq analysis identifies novel nitrate-responsive genes in Arabidopsis thaliana roots. Bmc Genomics. 2013;14(1):1-15.

17
Synthetic Biology: Opportunities For Chilean Bioindustry And Education
Autor(es): Pollak B, Gutierrez R, Federici F, Rudge T, Haseloff J
Año: 2013.46:383-393.
Ref: Pollak B, Gutiérrez R, Federici F, Rudge T, Haseloff J. Synthetic Biology: Opportunities for Chilean Bioindustry and education. Biological Research. 2013;46(4):383-393.

18
Quorum Sensing And Indole-3-Acetic Acid Degradation Play A Role In Colonization And Plant Growth Promotion Of Arabidopsis Thaliana By Burkholderia Phytofirmans Psjn
Autor(es): Zuniga A, Poupin M, Donoso R, Ledger T, Guiliani N, Gutierrez R, Gonzalez B
Año: 2013.26:546-553.
Ref: Zuñiga A, Poupin M, Donoso R, Ledger T, Guiliani N, Gutierrez R, Gonzalez B. Quorum Sensing and Indole-3-Acetic Acid Degradation Play a Role in Colonization and Plant Growth Promotion of Arabidopsis thaliana by Burkholderia phytofirmans PsJN. Molecular Plant-Microbe Interactions. 2013;26(5):546-553.

19
Systems Approaches Map Regulatory Networks Downstream Of The Auxin Receptor Afb3 In The Nitrate Response Of Arabidopsis Thaliana Roots
Autor(es): Vidal E, Moyano T, Riveras E, Contreras-Lopez O, Gutierrez R
Año: 2013.110:12840-12845.
Ref: Vidal E, Moyano T, Riveras E, Contreras-Lopez O, Gutierrez R. Systems approaches map regulatory networks downstream of the auxin receptor AFB3 in the nitrate response of Arabidopsis thaliana roots. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of Ame. 2013;110(31):12840-12845.

20
Integration Of Local And Systemic Signaling Pathways For Plant N Responses
Autor(es): Jose Miguel Alvarez, Elena A Vidal, Rodrigo A. Gutierrez
Año: 2012.15:185-191.
Ref: José Miguel Alvarez, Elena A Vidal, Rodrigo A. Gutierrez. Integration of local and systemic signaling pathways for plant N responses. Current Opinion In Plant Biology. 2012;15:185-191.

21
Integration Of Local And Systemic Signaling Pathways For Plant N Responses
Autor(es): Alvarez J, Vidal E, Gutierrez R
Año: 2012.15:185-191.
Ref: Alvarez J, Vidal E, Gutierrez R. Integration of local and systemic signaling pathways for plant N responses. Current Opinion In Plant Biology. 2012;15(2):185-191.

22
Discriminative Local Subspaces In Gene Expression Data For Effective Gene Function Prediction
Autor(es): Puelma T, Gutierrez R, Soto A
Año: 2012.28:2256-2264.
Ref: Puelma T, Gutierrez R, Soto A. Discriminative local subspaces in gene expression data for effective gene function prediction. Bioinformatics. 2012;28(17):2256-2264.

23
Systems Biology For Enhanced Plant Nitrogen Nutrition
Autor(es): Gutierrez R
Año: 2012.336:1673-1675.
Ref: Gutierrez R. Systems Biology for Enhanced Plant Nitrogen Nutrition. Science. 2012;336(6089):1673-1675.

24
A Holistic View Of Nitrogen Acquisition In Plants
Autor(es): Kraiser T , Gras D, Gutierrez A, Gonzalez B , Gutierrez R
Año: 2011.62:1455-1466.
Ref: Kraiser T , Gras D, Gutierrez A, Gonzalez B , Gutierrez R. A holistic view of nitrogen acquisition in plants. Journal Of Experimental Botany. 2011;62(4):1455-1466.

25
A Deficiency In The Flavoprotein Of Arabidopsis Mitochondrial Complex Ii Results In Elevated Photosynthesis And Better Growth In Nitrogen-Limiting Conditions
Autor(es): Fuentes D , Meneses M , Nunes-Nesi A , Araujo W, Tapia R , Gomez I, Holuigue L , Gutierrez R, Fernie A, Jordana X
Año: 2011.157:1114-1127.
Ref: Fuentes D , Meneses M , Nunes-Nesi A , Araujo W, Tapia R , Gomez I, Holuigue L , Gutierrez R, Fernie A, Jordana X. A Deficiency in the Flavoprotein of Arabidopsis Mitochondrial Complex II Results in Elevated Photosynthesis and Better Growth in Nitrogen-Limiting Conditions. Plant Physiology. 2011;157(3):1114-1127.

26
A Framework Integrating Plant Growth With Hormones And Nutrients
Autor(es): Krouk G , Ruffel S , Gutierrez R , Gojon A , Crawford N, Coruzzil G, Lacombe B
Año: 2011.16:178-182.
Ref: Krouk G , Ruffel S , Gutierrez R , Gojon A , Crawford N, Coruzzil G, Lacombe B . A framework integrating plant growth with hormones and nutrients. Trends In Plant Science. 2011;16(4):178-182.

27
Compatible Glrav-3 Viral Infections Affect Berry Ripening Decreasing Sugar Accumulation And Anthocyanin Biosynthesis In Vitis Vinifera
Autor(es): Vega A, Gutierrez R, Pena A , Cramer G, Arce-Johnson P
Año: 2011.77:261-274.
Ref: Vega A, Gutierrez R, Pena A , Cramer G, Arce-Johnson P . Compatible GLRaV-3 viral infections affect berry ripening decreasing sugar accumulation and anthocyanin biosynthesis in Vitis vinifera. Plant Molecular Biology. 2011;77(3):261-274.

28
Nitrate-Responsive Mir393/afb3 Regulatory Module Controls Root System Architecture In Arabidopsis Thaliana
Autor(es): Vidal E, Araus V, Lu C, Parry G, Green Pj, Coruzzi Gm, Gutierrez R
Año: 2010.107:4477-4482.
Ref: Vidal E, Araus V, Lu C, Parry G, Green PJ, Coruzzi GM, Gutiérrez R. Nitrate-responsive miR393/AFB3 regulatory module controls root system architecture in Arabidopsis thaliana. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of Ame. 2010;107(9):4477-4482.

29
Network News: Prime Time For Systems Biology Of The Plant Circadian Clock.
Autor(es): Mcclung Cr, Gutierrez Ra
Año: 2010.20:588-598.10.1016/j.gde.2
Ref: McClung CR, Gutierrez RA. Network news: prime time for systems biology of the plant circadian clock.. Current Opinion In Genetics & Development. 2010;20(6):588-598.

30
Virtualplant: A Software Platform To Support Systems Biology Research
Autor(es): Katari Ms, Nowicki Sd, Aceituno Ff, Nero D, Kelfer J, Thompson Lp, Cabello Jm, Davidson Rs, Goldberg Ap, Shasha De, Coruzzi Gm, Gutierrez Ra
Año: 2010.152:500-515.
Ref: Katari MS, Nowicki SD, Aceituno FF, Nero D, Kelfer J, Thompson LP, Cabello JM, Davidson RS, Goldberg AP, Shasha DE, Coruzzi GM, Gutiérrez RA. VirtualPlant: A Software Platform to Support Systems Biology Research. Plant Physiology. 2010;152(2):500-515.

31
Gene Networks For Nitrogen Sensing, Signaling, And Response In Arabidopsis Thaliana
Autor(es): Vidal Ea , Tamayo Kp, Gutierrez Ra
Año: 2010.2:683-693.
Ref: Vidal EA , Tamayo KP, Gutierrez RA. Gene networks for nitrogen sensing, signaling, and response in Arabidopsis thaliana. Wiley Interdisciplinary Reviews-Systems Biology And Medicine. 2010;2(6):683-693.

32
An International Bioinformatics Infrastructure To Underpin The Arabidopsis Community
Autor(es): Bastow, R., Beynon, J., Estelle, M., Friesner, J., Grotewold, E., Lavagi, I. , Lindsey, K., Meyers, B., Provart, N., Gutierrez, R., Et Iaic
Año: 2010.22:2530-2536.10.1105/tpc.110
Ref: Bastow, R., Beynon, J., Estelle, M., Friesner, J., Grotewold, E., Lavagi, I. , Lindsey, K., Meyers, B., Provart, N., Gutierrez, R., et IAIC. An International Bioinformatics Infrastructure to Underpin the Arabidopsis Community . Plant Cell. 2010;22(8):2530-2536.

33
A Composite Transcriptional Signature Differentiates Responses Towards Closely Related Herbicides In Arabidopsis Thaliana And Brassica Napus
Autor(es): Das M, Reichman Jr, Haberer G, Welzl G, Aceituno Ff, Mader Mt, Watrud Ls, Pfleeger Tg, Gutierrez Ra, Schaeffner Ar, Olszyk Dm
Año: 2010.72:545-556.
Ref: Das M, Reichman JR, Haberer G, Welzl G, Aceituno FF, Mader MT, Watrud LS, Pfleeger TG, Gutiérrez RA, Schaeffner AR, Olszyk DM. A composite transcriptional signature differentiates responses towards closely related herbicides in Arabidopsis thaliana and Brassica napus. Plant Molecular Biology. 2010;72(4-5):545-556.

34
A Systems Approach Uncovers Restrictions For Signal Interactions Regulating Genome-Wide Responses To Nutritional Cues In Arabidopsis
Autor(es): Krouk G, Tranchina D, Lejay L, Cruikshank Aa, Shasha D, Coruzzi Gm, Gutierrez Ra
Año: 2009.5:1000326-1000326.
Ref: Krouk G, Tranchina D, Lejay L, Cruikshank AA, Shasha D, Coruzzi GM, Gutiérrez RA. A Systems Approach Uncovers Restrictions for Signal Interactions Regulating Genome-wide Responses to Nutritional Cues in Arabidopsis. Plos Computational Biology. 2009;5(3):1000326-1000326.

35
Crops In All Shapes And Sizes
Autor(es): Loreto Holuigue, Jean-Philippe Vielle-Calzada, Rodrigo A Gutierrez
Año: 2008.9:319.1-319.3.10.1186/gb-2008
Ref: Loreto Holuigue, Jean-Philippe Vielle-Calzada, Rodrigo A Gutierrez. Crops in all shapes and sizes. Genome Biology. 2008;9:319.1-319.3.

36
An Integrated Genetic, Genomic And Systems Approach Defines Gene Networks Regulated By The Interaction Of Light And Carbon Signaling Pathways In Arabidopsis
Autor(es): Thum K, Shin M, Gutierrez R, Mukherjee I, Katari M, Nero D, Shasha D, Coruzzi G
Año: 2008.2:1-1.
Ref: Thum K, Shin M, Gutiérrez R, Mukherjee I, Katari M, Nero D, Shasha D, Coruzzi G. An integrated genetic, genomic and systems approach defines gene networks regulated by the interaction of light and carbon signaling pathways in Arabidopsis. Bmc Systems Biology. 2008;2:1-1.

37
A Systems View Of Nitrogen Nutrient And Metabolite Responses In Arabidopsis
Autor(es): Vidal E, Gutierrez R
Año: 2008.11:521-529.
Ref: Vidal E, Gutiérrez R. A systems view of nitrogen nutrient and metabolite responses in Arabidopsis. Current Opinion In Plant Biology. 2008;11(5):521-529.

38
Systems Approach Identifies An Organic Nitrogen-Responsive Gene Network That Is Regulated By The Master Clock Control Gene Cca1
Autor(es): Gutierrez R, Stokes T, Thum K, Xu X, Obertello M, Katari M, Tanurdzic M, Dean A, Nero D, Mcclung C, Coruzzi G
Año: 2008.105:4939-4944.
Ref: Gutiérrez R, Stokes T, Thum K, Xu X, Obertello M, Katari M, Tanurdzic M, Dean A, Nero D, McClung C, Coruzzi G. Systems approach identifies an organic nitrogen-responsive gene network that is regulated by the master clock control gene CCA1. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of Ame. 2008;105(12):4939-4944.

39
Cell-Specific Nitrogen Responses Mediate Developmental Plasticity
Autor(es): Gifford M, Dean A, Gutierrez R, Coruzzi G, Birnbaum K
Año: 2008.105:803-808.
Ref: Gifford M, Dean A, Gutiérrez R, Coruzzi G, Birnbaum K. Cell-specific nitrogen responses mediate developmental plasticity. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of Ame. 2008;105(2):803-808.

40
The Rules Of Gene Expression In Plants: Organ Identity And Gene Body Methylation Are Key Factors For Regulation Of Gene Expression In Arabidopsis Thaliana
Autor(es): Aceituno F, Moseyko N, Rhee S, Gutierrez R
Año: 2008.9:1-1.
Ref: Aceituno F, Moseyko N, Rhee S, Gutiérrez R. The rules of gene expression in plants: Organ identity and gene body methylation are key factors for regulation of gene expression in Arabidopsis thaliana. Bmc Genomics. 2008;9:1-1.

41
2020 Vision For Biology: The Role Of Plants In Addressing Grand Challenges In Biology
Autor(es): Bender J, Benfey P, Bergmann D, Borevitz J, Coruzzi G, Dangl J, Dean C, Ecker J, Estelle M, Glazebrook J, Grant S, Guerinot Ml, Gutierrez Ra, Long J, Nordborg M, Poethig S, Raikhel N, Schmitt J, Schnittger A, Vidal M
Año: 2008.1:561-563.
Ref: Bender J, Benfey P, Bergmann D, Borevitz J, Coruzzi G, Dangl J, Dean C, Ecker J, Estelle M, Glazebrook J, Grant S, Guerinot ML, Gutierrez RA, Long J, Nordborg M, Poethig S, Raikhel N, Schmitt J, Schnittger A, Vidal M. 2020 vision for biology: the role of plants in addressing grand challenges in biology. Molecular Plant. 2008;1(4):561-563.

42
Qualitative Network Models And Genome-Wide Expression Data Define Carbon/nitrogen-Responsive Molecular Machines In Arabidopsis
Autor(es): Gutierrez R, Lejay L, Dean A, Chiaromonte F, Shasha D, Coruzzi G
Año: 2007.8:R7-R7.
Ref: Gutiérrez R, Lejay L, Dean A, Chiaromonte F, Shasha D, Coruzzi G. Qualitative network models and genome-wide expression data define carbon/nitrogen-responsive molecular machines in Arabidopsis. Genome Biology. 2007;8(1):R7-R7.

43
Sungear: Interactive Visualization And Functional Analysis Of Genomic Datasets
Autor(es): Poultney C, Gutierrez R, Katari M, Gifford M, Paley W, Coruzzi G, Shasha D
Año: 2007.23:259-261.
Ref: Poultney C, Gutiérrez R, Katari M, Gifford M, Paley W, Coruzzi G, Shasha D. Sungear: interactive visualization and functional analysis of genomic datasets. Bioinformatics. 2007;23(2):259-261.

44
Insights Into The Genomic Nitrate Response Using Genetics And The Sungear Software System
Autor(es): Gutierrez R, Gifford M, Poultney C, Wang R, Shasha D, Coruzzi G, Crawford N
Año: 2007.58:2359-2367.
Ref: Gutiérrez R, Gifford M, Poultney C, Wang R, Shasha D, Coruzzi G, Crawford N. Insights into the genomic nitrate response using genetics and the Sungear Software System. Journal Of Experimental Botany. 2007;58(9):2359-2367.

45
Arabidopsis Tcp20 Links Regulation Of Growth And Cell Division Control Pathways
Autor(es): Li C, Potuschak T, Colon A, Gutierrez R, Doerner P
Año: 2005.102:12978-12983.
Ref: Li C, Potuschak T, Colón A, Gutiérrez R, Doerner P. Arabidopsis TCP20 links regulation of growth and cell division control pathways. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of Ame. 2005;102(36):12978-12983.

46
Genomic Analysis Of The Nitrate Response Using A Nitrate Reductase-Null Mutant Of Arabidopsis
Autor(es):
Año: 2004.136:2512-2522.
Ref: Genomic analysis of the nitrate response using a nitrate reductase-null mutant of Arabidopsis. Plant Physiology. 2004;136:2512-2522.

47
The Plant-Specific Database. Classification Of Arabidopsis Proteins Based On Their Phylogenetic Profil
Autor(es): Gutierrez R, Larson M, Wilkerson C
Año: 2004.135:1888-1892.
Ref: Gutierrez R, Larson M, Wilkerson C. The Plant-Specific Database. Classification of Arabidopsis Proteins Based on Their Phylogenetic Profil. Plant Physiology. 2004;135(1):1888-1892.

48
Identification Of Unstable Transcripts In Arabidopsis By Cdna Microarray Analysis: Rapid Decay Is Associated With A Group Of Touch- And Specific Clock-Controlled Genes
Autor(es): Gutierrez R, Ewing R, Cherry J, Green P
Año: 2002.99:11513-11518.
Ref: Gutiérrez R, Ewing R, Cherry J, Green P. Identification of unstable transcripts in Arabidopsis by cDNA microarray analysis: Rapid decay is associated with a group of touch- and specific clock-controlled genes. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of Ame. 2002;99(17):11513-11518.

49
Multiple Conformations Of Catalytic Serine And Histidine In Acetylxylan Esterase At 0.90 Angstrom
Autor(es): Ghosh D, Sawicki M, Lala P, Erman M, Pangborn W, Eyzaguirre J, Gutierrez R, Jornvall H, Thiel Dj
Año: 2001.276:11159-11166.
Ref: Ghosh D, Sawicki M, Lala P, Erman M, Pangborn W, Eyzaguirre J, Gutierrez R, Jornvall H, Thiel DJ. Multiple conformations of catalytic serine and histidine in acetylxylan esterase at 0.90 angstrom. Journal Of Biological Chemistry. 2001;276(14):11159-11166.

50
Determination Of A Protein Structure By Iodination: The Structure Of Iodinated Acetylxylan Esterase
Autor(es): Debashis Ghosh, Mary Erman, Mark Sawicki, Puloma Lala, Daniel R Weeks, Naiyin Li, Walter Pangborn, Daniel J. Thiel, Hans Jornvall, Rodrigo Gutierrez, Jaime Eyzaguirre
Año: 1999.55:779-784.
Ref: Debashis Ghosh, Mary Erman, Mark Sawicki, Puloma Lala, Daniel R Weeks, Naiyin Li, Walter Pangborn, Daniel J. Thiel, Hans Jornvall, Rodrigo Gutierrez, Jaime Eyzaguirre. Determination of a protein structure by iodination: the structure of iodinated acetylxylan esterase. Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography. 1999;55:779-784.

51
Acetyl Xylan Esterase Ii From Penicillium Purpurogenum Is Similar To An Esterae From Trichoderma Reesei But Lacks A Cellulose Binding Domain
Autor(es): Gutierrez R, Cederlund E, Hjelmqvist L, Peirano A, Herrera F, Ghosh D, Duax W, Jornvall H, Eyzaguirre J
Año: 1998.423:35-38.
Ref: Gutiérrez R, Cederlund E, Hjelmqvist L, Peirano A, Herrera F, Ghosh D, Duax W, Jornvall H, Eyzaguirre J. Acetyl Xylan Esterase II From Penicillium Purpurogenum Is Similar to An Esterae From Trichoderma Reesei But Lacks a Cellulose Binding Domain. Febs Letters. 1998;423(1):35-38.

52
Characterization Of Crystals Of Penicillium Puppurogenum Acetyl Xylan Esterase From High-Resolution X-Ray Diffraction
Autor(es): Panghorm W, Erman M, Li N, Burkhart B, Pletnev V, Duax W, Gutierrez R, Peirano A, Eyzaguirre J, Thiel D, Ghosh D
Año: 1996.:523-524.
Ref: Panghorm W, Erman M, Li N, Burkhart B, Pletnev V, Duax W, Gutierrez R, Peirano A, Eyzaguirre J, Thiel D, Ghosh D. Characterization of Crystals of Penicillium Puppurogenum Acetyl Xylan Esterase From High-Resolution X-Ray Diffraction. Proteins-Structure Function And Genetics. 1996;(24):523-524.

53
Purification And Characterization Of Two Acetyl Xylan Esterases From Penicillium Purpurogenum
Autor(es): Egana L, Gutierrez R, Caputo V, Peirano A, Steiner J, Eyzaguirre J
Año: 1996.24:33-39.
Ref: Egaña L, Gutiérrez R, Caputo V, Peirano A, Steiner J, Eyzaguirre J. Purification and Characterization of Two Acetyl Xylan Esterases From Penicillium Purpurogenum. Biotechnology And Applied Biochemistry. 1996;24( ):33-39.



Libros y Capitulos de Libros


Constructing Simple Biological Networks For Understanding Complex High-Throughput Data In Plants
Autor(es): Tomas C. Moyano, Elena A. Vidal, Orlando Contreras-Lopez, Rodrigo A. Gutierrez
Año: 2015:503-526.
Ref: Tomas C. Moyano, Elena A. Vidal, Orlando Contreras-López, Rodrigo A. Gutiérrez. Constructing Simple Biological Networks for Understanding Complex High-Throughput Data in Plants. In: José M. Alonso and Anna N. Stepanova,editors. Plant Functional Genomics: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology. New York: Springer; 2015. p. 503-526.

Plant Systems Biology
Autor(es): Coruzzi Gm, Gutierrez Ra
Año: 2009:-376.
Ref: Coruzzi GM, Gutierrez RA. Plant Systems Biology. 2009. Coruzzi GM and Gutierrez RA,editors. Oxford, UK: Wiley-Blackwell; 2009.

"an Ensemble Of Discrimative Local Subspaces In Microarray Data For Gene Ontology Annotation Predictions"
Autor(es): Puelma, T., Soto A., Gutierrez, R
Año: 2009:52-61.
Ref: Puelma, T., Soto A., Gutiérrez, R. "An Ensemble of Discrimative Local Subspaces in Microarray Data for Gene Ontology Annotation Predictions". In: Proc. of 1st. Chilean Workshop on Pattern Recognition (CWPR). Santiago - Chile: 2009. p. 52-61.

Systems Biology: Principles And Applications In Plant Research
Autor(es): Coruzzi Gm, Burga A, Katari Ms, Gutierrez Ra
Año: 2009:3-40.
Ref: Coruzzi GM, Burga A, Katari MS, Gutierrez RA. Systems Biology: Principles and applications in plant research. In: Coruzzi GM and Gutierrez RA,editors. Plant Systems Biology. Oxford, UK: Wiley-Blackwell; 2009. p. 3-40.

Sección Patentes

  • Methods Of Affecting Nitrogen Assimilation In Plants
  • Regulation Of Nitrate Uptake And Nitrogen Use By Btb Genes
  • System And Method For Representing Interactions Between Multiple Inputs
  • Methods Of Affecting Plant Growth With Microrna
  • Transcription Factors In Plants Related To Levels Of Nitrate And Methods Of Using The Same
  • Plant Regulatory Genes Promoting Association With Nitrogen Fixing Bacteria