UC
GENÉTICA MOLECULAR Y MICROBIOLOGÍA

MELO LEDERMANN,FRANCISCO JAVIER

Francisco  Javier Melo Ledermann Francisco Javier Melo Ledermann

Laboratorio: 6862279
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Profesor Titular

Bioinformática Molecular

GENÉTICA MOLECULAR Y MICROBIOLOGÍA,
Facultad de Ciencias Biológicas,
Alameda 340, Departamento de Genética Molecular y Microbiología, Facultad de Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile, Santiago, Chile.

Antecedentes Académicos

en Biofísica Molecular, The Rockefeller University (2000).
Doctor, Universitaires NotreDame de la Paix (1998).
Magister, Pontificia Universidad Católica de Chile (1994).

Postdoctorado:

Bioinformática, Laboratorio de Biofísica Molecular, Universidad Rockefeller, Estados Unidos

Especialización:

Bioinformática Estructural y Genómica. Estudio de la relación secuencia/estructura/función en proteínas, ADN y ARN.

Actividades de Docencia

Pregado
  • 2016 BIO3339-1, Bioinformatica Avanzada.
  • 2016 BIO252I-1, Ingenieria Genetica Y Bioinformatica.
  • 2016 BIO3339-1, Bioinformatica Avanzada.
Postgrado
  • 2016 BIO4414-1, Bioinformática Molecular.
  • 2016 BIO4414-1, Bioinformática Molecular.
  • 2016 BIO4414-1, Bioinformática Molecular.

Líneas de Investigación

La línea general de investigación en nuestro laboratorio es el estudio de la relación “secuencia/estructura/función” en proteínas. Esta se puede dividir en dos partes que en principio pueden ser consideradas como independientes, pero en la práctica se encuentran interrelacionadas entre sí: por una parte la relación secuencia/estructura y por otra la relación estructura/función.

1.- Relación secuencia/estructura

Ha sido demostrado que la estructura tridimensional de una proteína se encuentra codificada únicamente en su secuencia de aminoácidos (y el medio ambiente en el que se pliega, que generalmente es el medio acuoso en condiciones fisiológicas). Así, en la naturaleza, una proteína se pliega en tres dimensiones adoptando una estructura única (denominada estructura nativa o conformación nativa), lo cual se encuentra codificado solamente en su secuencia aminoacídica. Este proceso, que ocurre rápidamente y en todo momento en un ser vivo, está lejos de ser trivial y es muy complejo de modelar. La predicción in silico (en un computador) de la estructura de una proteína a partir de su secuencia es un problema que aún no está resuelto en su totalidad. Durante los últimos 16 años (1995-2011) me he dedicado a trabajar en el tema de la predicción de la estructura tridimensional de proteínas y sus interacciones con moléculas de ADN y ARN. Mi trabajo ha consistido básicamente en el desarrollo de funciones que describen la energía de interacción entre los átomos de estas macromoléculas y a la utilización de estas funciones en la predicción y modelado de la estructura tridimensional de complejos macromoleculares. Las funciones energéticas son desarrolladas a partir de datos experimentales y, por lo tanto, no representan modelos teóricos de las interacciones, sino que una representación estadística de datos reales. Debido a esto, dichas funciones energéticas han sido denominadas “potenciales estadísticos” o “potenciales basados en el conocimiento”.

2.- Relación estructura/función

Es muy poco lo que sabe en lo referente a las bases o reglas que rigen la relación estructura/función en sistemas moleculares. Las proteínas no están excentas de esto y son un modelo de estudio muy atractivo debido no sólo a su gran diversidad y complejidad, sino que principalmente a la gran especificidad que presentan. La especificidad de las proteínas está controlada por la conformación y microambiente fisicoquímico específicos de los átomos que constituyen el sitio activo o lugar de unión de la proteína a otros compuestos químicos.  En nuestro laboratorio estamos trabajando activamente en diversos proyectos orientados al estudio de los determinantes de especificidad y afinidad que median el reconocimiento molecular entre ADN y proteínas.

En resumen, mi trabajo envuelve todos los aspectos que tengan relación con la estructura y la función de proteínas, ADN y ARN. Por lo tanto, se encuentra dentro de mi interés todo lo que tenga relación con la configuración (secuencia) y conformación (estructura) de sistemas atómicos en macromoléculas y la interacción de éstos con otros elementos (función).

Para obtener mayor detalle acerca de mis proyectos actuales y pasados, por favor dirigirse a la página web de nuestro laboratorio.


Titulo: Towards A Better Understanding Of The Key Determinants At The Molecular Level That Mediate The Recognition Process Between Proteins And Dna
Año: 2014
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Melo Ledermann Francisco Javier
Otros investigadores: Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-03-2014
Fecha termino: 01-03-2018
Duración: 48 meses

Titulo: Mapping Transcriptional Regulatory Networks In Response To N In Plants
Año: 2013
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Alvarez Herrera Jos Miguel
Otros investigadores: Alvarez Herrera Jose Miguel, Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-11-2013
Fecha termino: 01-11-2016
Duración: 36 meses

Titulo: Assessment Of Rationally Designed Small Molecule Inhibitors Targeting The Human Respiratory Syncytial Virus Matrix Protein
Año: 2013
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Schueller Andreas Peter
Otros investigadores: Schueller Andreas Peter, Melo Ledermann Francisco Javier, Kalergis Parra Alexis Mikes
Fecha inicio: 01-03-2013
Fecha termino: 01-03-2016
Duración: 36 meses

Titulo: Prediction And Analysis Of Pirnas Derived From Class Ii Mobile Elements In Xenopus Species Genomes
Año: 2012
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Riadi Gonzalo
Otros investigadores: Riadi Gonzalo, Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-10-2012
Fecha termino: 01-10-2015
Duración: 36 meses

Titulo: Structure-Based Consensus Dna Binding Motif Prediction For Sequence-Based Complete Genome Scanning Of Transcription Factor Binding Sites
Año: 2011
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Norambuena Arenas Tomas
Otros investigadores: Norambuena Arenas Tomas, Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-10-2011
Fecha termino: 01-10-2013
Duración: 24 meses

Titulo: Comparative Three-Dimensional Structure Modeling Of Protein-Dna Complexes
Año: 2011
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Melo Ledermann Francisco Javier
Otros investigadores: Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-03-2011
Fecha termino: 01-03-2014
Duración: 36 meses

Titulo: Modeling Of Dna-Protein Interactions By Adaptive Optimization
Año: 2010
Concurso e institución: Postdoctorado, CONICYT
Investigador principal: Schueller Andreas
Otros investigadores: Schueller Andreas, Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-10-2010
Fecha termino: 01-10-2012
Duración: 24 meses

Titulo: Investigación Y Desarrollo De Potenciales Estadísticos Y Algoritmos Genéticos Para El Estudio De Los Determinantes Claves En El Proceso De Reconocimiento Molecular Entre Adn Y Proteínas
Año: 2008
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Melo Ledermann Francisco Javier
Otros investigadores: Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-03-2008
Fecha termino: 01-03-2011
Duración: 36 meses

Titulo: Análisis Mediante Sage Del Transcriptoma Involucrado En El Establecimiento Del Patrón Dorso-Ventral Del Embrión De Xenopus Tropicalis
Año: 2007
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Larrain Correa Juan Agustin
Otros investigadores: Larrain Correa Juan Agustin, Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-03-2007
Fecha termino: 01-03-2010
Duración: 36 meses

Titulo: Evolucion De La Infeccion Genital Por Virus Papilloma Humano (Vph) En Una Cohorte De Mujeres Chilenas Estudiadas En El Año 2000
Año: 2006
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Ferreccio Readi Fresia Catterina
Otros investigadores: Ferreccio Readi Fresia Catterina, Ampuero Llanos Sandra, Corvalan Rodriguez Alejandro, Melo Ledermann Francisco Javier, Puschel Illanes Klaus
Fecha inicio: 01-03-2006
Fecha termino: 01-03-2009
Duración: 36 meses

Titulo: Desarrollo De Algoritmos Geneticos Y Potenciales Estadisticos Familia-Especificos Para La Prediccion De La Estructura Tridimensional De Proteinas En Genomas Completos
Año: 2005
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Melo Ledermann Francisco Javier
Otros investigadores: Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-03-2005
Fecha termino: 01-03-2008
Duración: 36 meses

Titulo: Fisiologia Cuantitativa De Fermentaciones A Baja Temperatura: La Vinificacion En Blanco Como Modelo De Estudio.
Año: 2005
Concurso e institución: Regular, CONICYT
Investigador principal: Agosin Trumper Eduardo
Otros investigadores: Agosin Trumper Eduardo, Melo Ledermann Francisco Javier, Perez Correa Jose Ricardo
Fecha inicio: 01-03-2005
Fecha termino: 01-03-2009
Duración: 48 meses

Titulo: Desarrollo De Algoritmos Genéticos Y Potenciales Estadísticos Pliegue-Específicos Para La Predicción De La Estructura Tridimensional Y Función De Proteínas
Año: 2004
Concurso e institución: Puente, UC
Investigador principal: Melo Ledermann Francisco Javier
Otros investigadores: Melo Ledermann Francisco Javier
Fecha inicio: 01-01-2004
Fecha termino: 01-10-2004
Duración: 9 meses


Publicaciones ISI

1
Efficient And Automated Large-Scale Detection Of Structural Relationships In Proteins With A Flexible Aligner
Autor(es): Gutierrez F, Rodriguez F, Ibarra I, Devos D, Melo F
Año: 2016.17:---.
Ref: Gutierrez F, Rodriguez F, Ibarra I, Devos D, Melo F. Efficient and automated large-scale detection of structural relationships in proteins with a flexible aligner. Bmc Bioinformatics. 2016;17(20):---.

2
Andrographolide Activates The Canonical Wnt Signalling Pathway By A Mechanism That Implicates The Non-Atp Competitive Inhibition Of Gsk-3 Beta: Autoregulation Of Gsk-3 Beta In Vivo
Autor(es): Tapia C, Schuller A, Ureta R, Mejias C, Melo F , Inestrosa N, Hancke J
Año: 2015.466:415-430.
Ref: Tapia C, Schuller A, Ureta R, Mejias C, Melo F , Inestrosa N, Hancke J. Andrographolide activates the canonical Wnt signalling pathway by a mechanism that implicates the non-ATP competitive inhibition of GSK-3 beta: autoregulation of GSK-3 beta in vivo. Biochemical Journal. 2015;466:415-430.

3
Pdiviz: Analysis And Visualization Of Protein¿dna Binding Interfaces
Autor(es): Judemir Ribeiro, Francisco Melo, Andreas Schuller
Año: 2015.31:2751-2753.0.1093/bioinformatics/btv203
Ref: Judemir Ribeiro, Francisco Melo, Andreas Schüller. PDIviz: analysis and visualization of protein¿DNA binding interfaces. Bioinformatics. 2015;31(16):2751-2753.

4
Effects Of Tetrahydrohyperforin In Mouse Hippocampal Slices: Neuroprotection, Long-Term Potentiation And Trpc Channels
Autor(es): Montecinos-Oliva C, Schueller A, Parodi J, Melo F, Inestrosa N
Año: 2014.21:3494-3506.
Ref: Montecinos-Oliva C, Schueller A, Parodi J, Melo F, Inestrosa N. Effects of Tetrahydrohyperforin in Mouse Hippocampal Slices: Neuroprotection, Long-term Potentiation and TRPC Channels. Current Medicinal Chemistry. 2014;21(30):3494-3506.

5
Structure-Based Characterization Of Multiprotein Complexes
Autor(es): Melo F, Wiederstein M, Gruber M, Frank K, Sippl M
Año: 2014.22:1063-1070.
Ref: Melo F, Wiederstein M, Gruber M, Frank K, Sippl M. Structure-Based Characterization of Multiprotein Complexes. Structure. 2014;22(7):1063-1070.

6
Metabolic And Transcriptomic Response Of The Wine Yeast Saccharomyces Cerevisiae Strain Ec1118 After An Oxygen Impulse Under Carbon- Sufficient, Nitrogen-Limited Fermentative Conditions
Autor(es): Orellana M, Aceituno F, Slater A, Almonacid L, Melo F, Agosin E
Año: 2014.14:412-424.
Ref: Orellana M, Aceituno F, Slater A, Almonacid L, Melo F, Agosin E. Metabolic and transcriptomic response of the wine yeast Saccharomyces cerevisiae strain EC1118 after an oxygen impulse under carbon- sufficient, nitrogen-limited fermentative conditions. Fems Yeast Research. 2014;14(3):412-424.

7
Genome-Wide Expression Profile Of The Response To Spinal Cord Injury In Xenopus Laevis Reveals Extensive Differences Between Regenerative And Non-Regenerative Stages
Autor(es): Lee-Liu D, Moreno M, Almonacid L, Tapia V, Munoz R, Von Marees J, Gaete M, Melo F, Larrain J
Año: 2014.9:1-20.
Ref: Lee-Liu D, Moreno M, Almonacid L, Tapia V, Munoz R, von Marees J, Gaete M, Melo F, Larrain J. Genome-wide expression profile of the response to spinal cord injury in Xenopus laevis reveals extensive differences between regenerative and non-regenerative stages. Neural Development. 2014;9(12):1-20.

8
Webrasp: A Server For Computing Energy Scores To Assess The Accuracy And Stability Of Rna 3D Structures
Autor(es): Norambuena T, Cares J, Capriotti E, Melo F
Año: 2013.29:2649-2650.
Ref: Norambuena T, Cares J, Capriotti E, Melo F. WebRASP: a server for computing energy scores to assess the accuracy and stability of RNA 3D structures. Bioinformatics. 2013;29(20):2649-2650.

9
Towards The Development Of Standardized Methods For Comparison, Ranking And Evaluation Of Structure Alignments
Autor(es): Slater A, Castellanos J, Sippl M, Melo F
Año: 2013.29:47-53.
Ref: Slater A, Castellanos J, Sippl M, Melo F. Towards the development of standardized methods for comparison, ranking and evaluation of structure alignments. Bioinformatics. 2013;29(1):47-53.

10
Computer-Based Annotation Of Putative Arac/xyls-Family Transcription Factors Of Known Structure But Unknown Function
Autor(es): Schuller A, Slater A, Norambuena T, Cifuentes J, Almonacid L, Melo F
Año: 2012.2012:Art. 103132-..
Ref: Schuller A, Slater A, Norambuena T, Cifuentes J, Almonacid L, Melo F. Computer-based annotation of putative AraC/XylS-family transcription factors of known structure but unknown function. Journal Of Biomedicine And Biotechnology. 2012;2012:Art. 103132-..

11
The Internal Region Leucine-Rich Repeat 6 Of Decorin Interacts With Low Density Lipoprotein Receptor-Related Protein-1, Modulates Transforming Growth Factor (Tgf)-Beta-Dependent Signaling, And Inhibits Tgf-Beta-Dependent Fibrotic Response In Skeletal Muscles
Autor(es): Cabello C , Santander C , Cofre C , Acuna M, Melo F, Brandan E
Año: 2012.287:6773-6787.
Ref: Cabello C , Santander C , Cofre C , Acuña M, Melo F, Brandan E. The Internal Region Leucine-rich Repeat 6 of Decorin Interacts with Low Density Lipoprotein Receptor-related Protein-1, Modulates Transforming Growth Factor (TGF)-beta-dependent Signaling, and Inhibits TGF-beta-dependent Fibrotic Response in Skeletal Muscles. Journal Of Biological Chemistry. 2012;287(9):6773-6787.

12
Characterization Of Small Rnas In Xenopus Tropicalis Gastrulae
Autor(es): Faunes F , Almonacid L, Melo F , Larrain J
Año: 2012.50:260-270.
Ref: Faunes F , Almonacid L, Melo F , Larrain J . Characterization of small RNAs in Xenopus tropicalis gastrulae. Genesis. 2012;50(3):260-270.

13
Oxygen Response Of The Wine Yeast Saccharomyces Cerevisiae Ec1118 Grown Under Carbon-Sufficient, Nitrogen-Limited Enological Conditions
Autor(es): Aceituno F, Orellana M , Torres J, Mendoza S , Slater A, Melo F, Agosin E
Año: 2012.78:8340-8352.
Ref: Aceituno F, Orellana M , Torres J, Mendoza S , Slater A, Melo F, Agosin E . Oxygen Response of the Wine Yeast Saccharomyces cerevisiae EC1118 Grown under Carbon-Sufficient, Nitrogen-Limited Enological Conditions. Applied And Environmental Microbiology. 2012;78(23):8340-8352.

14
Autosomal Str Allele Frequencies For The Codis System From A Large Random Population Sample In Chile
Autor(es): Vergara I, Villouta P, Herrera S, Melo F
Año: 2012.6:E83-E85.
Ref: Vergara I, Villouta P, Herrera S, Melo F . Autosomal STR allele frequencies for the CODIS system from a large random population sample in Chile. Forensic Science International-Genetics . 2012;6(3):E83-E85.

15
Transcriptomics Using Next Generation Sequencing Technologies
Autor(es): Lee-Liu D, Almonacid L, Faunes F, Melo F, Larrain J
Año: 2012.917:293-317.
Ref: Lee-Liu D, Almonacid L, Faunes F, Melo F, Larrain J. Transcriptomics using next generation sequencing technologies. Methods In Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2012;917:293-317.

16
Expression Of Transposable Elements In Neural Tissues During Xenopus Development
Autor(es): Faunes F , Sanchez N , Moreno M , Olivares G, Lee-Liu D , Almonacid L , Slater A , Norambuena T , Taft R , Mattick J , Melo F , Larrain J
Año: 2011.6:Art. e22569-..
Ref: Faunes F , Sanchez N , Moreno M , Olivares G, Lee-Liu D , Almonacid L , Slater A , Norambuena T , Taft R , Mattick J , Melo F , Larrain J . Expression of Transposable Elements in Neural Tissues during Xenopus Development. Plos One. 2011;6(7):Art. e22569-..

17
All-Atom Knowledge-Based Potential For Rna Structure Prediction And Assessment
Autor(es): Capriotti E , Norambuena T , Marti M, Melo F
Año: 2011.27:1086-1093.
Ref: Capriotti E , Norambuena T , Marti M, Melo F . All-atom knowledge-based potential for RNA structure prediction and assessment. Bioinformatics. 2011;27(8):1086-1093.

18
Interactive Software Tool To Comprehend The Calculation Of Optimal Sequence Alignments With Dynamic Programming
Autor(es): Ibarra Il, Melo F
Año: 2010.26:1664-1665.
Ref: Ibarra IL, Melo F. Interactive software tool to comprehend the calculation of optimal sequence alignments with dynamic programming. Bioinformatics. 2010;26(13):1664-1665.

19
Novel Alpha-Ketoglutarate Dioxygenase Tfda-Related Genes Are Found In Soil Dna After Exposure To Phenoxyalkanoic Herbicides
Autor(es): Gazitua Mc , Slater Aw, Melo F, Gonzalez B
Año: 2010.12:2411-2425.
Ref: Gazitua MC , Slater AW, Melo F, Gonzalez B . Novel alpha-ketoglutarate dioxygenase tfdA-related genes are found in soil DNA after exposure to phenoxyalkanoic herbicides . Environmental Microbiology. 2010;12(9):2411-2425.

20
A New Multiplex Pcr Assay For The Simultaneous Detection Of Vancomycin-Resistant Enterococci From Rectal Swabs
Autor(es): Benadof D, San Martin M, Aguirre J, Paredes L, Malig R, Melo Fj, Lehouque G
Año: 2010.60:354-359.
Ref: Benadof D, San Martín M, Aguirre J, Paredes L, Malig R, Melo FJ, Lehouque G. A new multiplex PCR assay for the simultaneous detection of vancomycin-resistant enterococci from rectal swabs. Journal Of Infection. 2010;60(5):354-359.

21
The Protein-Dna Interface Database
Autor(es): Norambuena T, Melo F
Año: 2010.11:1-12.
Ref: Norambuena T, Melo F. The Protein-DNA Interface database. Bmc Bioinformatics. 2010;11(262):1-12.

22
Identification Of Novel Transcripts With Differential Dorso-Ventral Expression In Xenopus Gastrula Using Serial Analysis Of Gene Expression
Autor(es): Faunes F, Sanchez N, Castellanos J, Vergara Ia, Melo F, Larrain J
Año: 2009.10:R15-R15.10.1186/gb-2009
Ref: Faunes F, Sánchez N, Castellanos J, Vergara IA, Melo F, Larraín J. Identification of novel transcripts with differential dorso-ventral expression in Xenopus gastrula using serial analysis of gene expression. Genome Biology. 2009;10(2):R15-R15.

23
Effective Knowledge-Based Potentials
Autor(es): Ferrada E , Melo F
Año: 2009.18:1469-1485.
Ref: Ferrada E , Melo F. Effective knowledge-based potentials. Protein Science. 2009;18(7):1469-1485.

24
Star: A Simple Tool For The Statistical Comparison Of Roc Curves
Autor(es): Vergara I, Norambuena T, Ferrada E, Slater A, Melo F
Año: 2008.9:1-1.
Ref: Vergara I, Norambuena T, Ferrada E, Slater A, Melo F. StAR: a simple tool for the statistical comparison of ROC curves. Bmc Bioinformatics. 2008;9(265):1-1.

25
Evolutionary Potentials: Structure Specific Knowledge-Based Potentials Exploiting The Evolutionary Record Of Sequence Homologs
Autor(es): Panjkovich A, Melo F, Marti-Renom M
Año: 2008.9:R68-R68.
Ref: Panjkovich A, Melo F, Marti-Renom M. Evolutionary potentials: structure specific knowledge-based potentials exploiting the evolutionary record of sequence homologs. Genome Biology. 2008;9(4):R68-R68.

26
Sagexplore: A Web Server For Unambiguous Tag Mapping In Serial Analysis Of Gene Expression Oriented To Gene Discovery And Annotation
Autor(es): Norambuena T, Malig R, Melo F
Año: 2007.35:W163-W168.
Ref: Norambuena T, Malig R, Melo F. SAGExplore: a web server for unambiguous tag mapping in serial analysis of gene expression oriented to gene discovery and annotation. Nucleic Acids Research. 2007;35:W163-W168.

27
Cloning And Characterization Of The Genes Encoding The High-Affinity Iron-Uptake Protein Complex Fet3/ftr1 In The Basidiomycete Phanerochaete Chrysosporium
Autor(es): Larrondo L, Canessa P, Melo F, Polanco R, Vicuna R
Año: 2007.153:1772-1780.
Ref: Larrondo L, Canessa P, Melo F, Polanco R, Vicuna R. Cloning and characterization of the genes encoding the high-affinity iron-uptake protein complex Fet3/Ftr1 in the basidiomycete Phanerochaete chrysosporium. Microbiology-Sgm. 2007;153:1772-1780.

28
A Knowledge-Based Potential With An Accurate Description Of Local Interactions Improves Discrimination Between Native And Near-Native Protein Conformations
Autor(es): Ferrada E, Vergara I, Melo F
Año: 2007.49:111-124.
Ref: Ferrada E, Vergara I, Melo F. A knowledge-based potential with an accurate description of local interactions improves discrimination between native and near-native protein conformations. Cell Biochemistry And Biophysics. 2007;49(2):111-124.

29
Nonbonded Terms Extrapolated From Nonlocal Knowledge-Based Energy Functions Improve Error Detection In Near-Native Protein Structure Models
Autor(es): Ferrada E, Melo F
Año: 2007.16:1410-1421.
Ref: Ferrada E, Melo F. Nonbonded terms extrapolated from nonlocal knowledge-based energy functions improve error detection in near-native protein structure models. Protein Science. 2007;16(7):1410-1421.

30
Fold Assessment For Comparative Protein Structure Modeling
Autor(es): Melo F, Sali A
Año: 2007.16:2412-2426.
Ref: Melo F, Sali A. Fold assessment for comparative protein structure modeling. Protein Science. 2007;16(11):2412-2426.

31
Modbase: A Database Of Annotated Comparative Protein Structure Models And Associated Resources
Autor(es): Pieper U, Eswar N, Davis F, Braberg H, Madhusudhan M, Rossi A, Marti-Renom M, Karchin R, Webb B, Eramian D, Shen M, Kelly L, Melo F, Sali A
Año: 2006.34:D291-D295.
Ref: Pieper U, Eswar N, Davis F, Braberg H, Madhusudhan M, Rossi A, Marti-Renom M, Karchin R, Webb B, Eramian D, Shen M, Kelly L, Melo F, Sali A. MODBASE: a database of annotated comparative protein structure models and associated resources. Nucleic Acids Research. 2006;34(0):D291-D295.

32
Accurate And Unambiguous Tag-To-Gene Mapping In Serial Analysis Of Gene Expression
Autor(es): Malig R, Varela C, Agosin E, Melo F
Año: 2006.7:487-508.
Ref: Malig R, Varela C, Agosin E, Melo F. Accurate and Unambiguous Tag-To-Gene Mapping in Serial Analysis of Gene Expression. Bmc Bioinformatics. 2006;7:487-508.

33
A Composite Score For Predicting Errors In Protein Structure Models
Autor(es): Eramian D, Melo F, Shen My, Devos D, Sali A, Marti-Renom Ma
Año: 2006.15:1653-1666.
Ref: Eramian D, Melo F, Shen MY, Devos D, Sali A, Marti-Renom MA. A Composite Score for Predicting Errors in Protein Structure Models. Protein Science. 2006;15(7):1653-1666.

34
Molecular And Population Analyses Of A Recombination Event In The Catabolic Plasmid Pjp4
Autor(es): Larrain-Linton J, De La Iglesia R, Melo F, Gonzalez B
Año: 2006.188:6793-6801.
Ref: Larraín-Linton J, De la Iglesia R, Melo F, González B. Molecular and Population Analyses of a Recombination Event in the Catabolic Plasmid Pjp4. Journal Of Bacteriology. 2006;188(19):6793-6801.

35
Accuracy Of Sequence Alignment And Fold Assessment Using Reduced Amino Acid Alphabets
Autor(es): Melo F, Marti-Renom Ma
Año: 2006.63:986-995.
Ref: Melo F, Marti-Renom MA. Accuracy of Sequence Alignment and Fold Assessment Using Reduced Amino Acid Alphabets. Proteins-Structure Function And Bioinformatics. 2006;63(4):986-995.

36
Comparison Of Different Melting Temperature Calculation Methods For Short Dna Sequences
Autor(es): Panjkovich A, Melo F
Año: 2005.21:711-722.
Ref: Panjkovich A, Melo F. Comparison of Different Melting Temperature Calculation Methods for Short Dna Sequences. Bioinformatics. 2005;21(6):711-722.

37
Quantitative Analysis Of Wine Yeast Gene Expression Profiles Under Winemaking Conditions
Autor(es): Varela C, Cardenas J, Melo F, Agosin E
Año: 2005.22:369-383.
Ref: Varela C, Cárdenas J, Melo F, Agosin E. Quantitative Analysis of Wine Yeast Gene Expression Profiles Under Winemaking Conditions. Yeast. 2005;22(5):369-383.

38
Adaptive Evolution Of The Insulin Gene In Caviomorph Rodents
Autor(es): Opazo J, Palma R, Melo F, Lessa E
Año: 2005.22:1290-1298.
Ref: Opazo J, Palma R, Melo F, Lessa E. Adaptive Evolution of the Insulin Gene in Caviomorph Rodents. Molecular Biology And Evolution. 2005;22(5):1290-1298.

39
Dnamate: A Consensus Melting Temperature Prediction Server For Short Dna Sequences
Autor(es): Panjkovich A, Norambuena T, Melo F
Año: 2005.33:570-572.
Ref: Panjkovich A, Norambuena T, Melo F. Dnamate: a Consensus Melting Temperature Prediction Server for Short Dna Sequences. Nucleic Acids Research. 2005;33:570-572.

40
A Tool To Assist The Study Of Specific Features At Protein Binding Sites
Autor(es): Santander V, Portales M, Melo F
Año: 2003.19:250-251.
Ref: Santander V, Portales M, Melo F. A Tool to Assist the Study of Specific Features At Protein Binding Sites. Bioinformatics. 2003;19(17):250-251.

41
A Novel Extracellular Multicopper Oxidase From Phenerochaete Chrysosporium With Ferroxidase Activity
Autor(es): Larrondo L, Salas L, Melo F, Vicuna J, Cullen D
Año: 2003.69:6257-6263.
Ref: Larrondo L, Salas L, Melo F, Vicuña J, Cullen D. A Novel Extracellular Multicopper Oxidase From Phenerochaete Chrysosporium With Ferroxidase Activity. Applied And Environmental Microbiology. 2003;69(10):6257-6263.

42
Significantly Reduced Expression Of The Proteoglycan Decorin In Alzheimer's Disease Fibrolblats
Autor(es): Brandan E, Melo F, Garcia M, Contreras M
Año: 1996.49:M351-M356.
Ref: Brandan E, Melo F, García M, Contreras M. Significantly Reduced Expression of the Proteoglycan Decorin in Alzheimer's Disease Fibrolblats. Journal Of Clinical Pathology-Clinical Molecular Pathology Edition. 1996;49(6):M351-M356.

43
Synthesis And Processing Of Glypican During Differentiation Of Skeletal Muscle Cells
Autor(es): Brandan E, Carey D, Larrain J, Melo F, Campos A
Año: 1996.71:170-176.
Ref: Brandan E, Carey D, Larraín J, Melo F, Campos A. Synthesis and Processing of Glypican During Differentiation of Skeletal Muscle Cells. European Journal Of Cell Biology. 1996;71(2):170-176.

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Extracellular Matrix Is Required For Skeletal Muscle Differentiation But Not Myogenin Expression
Autor(es): Melo F, Carey D, Brandan E
Año: 1996.62:227-239.
Ref: Melo F, Carey D, Brandan E. Extracellular Matrix Is Required for Skeletal Muscle Differentiation But Not Myogenin Expression. Journal Of Cellular Biochemistry. 1996;62(2):227-239.

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Decorin Is Specifically Solubilized By Heparin From The Extracellular Matrix Of Rat Skeletal Muscles
Autor(es): Brandan E, Melo F
Año: 1993.319:249-252.
Ref: Brandan E, Melo F. Decorin Is Specifically Solubilized by Heparin From the Extracellular Matrix of Rat Skeletal Muscles. Febs Letters. 1993;319(3):249-252.



Libros y Capitulos de Libros


Scoring Functions For Protein Structure Prediction
Autor(es): Melo, F., Feytmans, E.
Año: 2008:61-88.
Ref: Melo, F., Feytmans, E.. Scoring functions for protein structure prediction. In: Torsten Schwede and Manuel Peitsch,editors. Computational Structural Biology. London: World Scientific Publishing; 2008. p. 61-88.

Sección Patentes

  • Large Scale Comparative Protein Structure Modeling