Mi línea de investigación está orientada al estudio de la sistemática molecular en diversos taxa, aunque de preferencia en mamíferos sudamericanos. Asimismo, me interesa conocer los principios y procesos que gobiernan las distribuciones de linajes genealógicos, área que compete a la filogeografía. Dentro de esta última aproximación el Laboratorio de Biología Evolutiva a mi cargo se ha orientado a estudios filogeográficos relacionados con la dinámica del Pleistoceno en Chile, y los efectos que fenómenos históricos tales como las últimas glaciaciones produjeron en la biogeografía y evolución de diversos taxa de vertebrados. En este sentido, nuestros últimos proyectos de investigación han estado centrados en estudios filogeográficos de pequeños mamíferos y vertebrados del Altiplano, el Desierto costero de Chile y región Mediterránea de Chile, así como de la Patagonia.